结论：若劳动合同中约定了综合工时制，但该工时制度并未获得相关部门的批准，那么该约定在法律上可能被视为无效或存在瑕疵。不过，具体处理方式还需根据实际情况来判断，以下从不同角度为你详细分析。
一、劳动合同中综合工时制约定未获批的法律效力
综合工时制需审批：
- 综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许企业在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
- 根据相关法律法规，企业实行综合工时制需要经过劳动行政部门的审批。未经审批，企业不得擅自实行综合工时制。
未获批的综合工时制约定可能无效：
- 如果劳动合同中约定了综合工时制，但该工时制度并未获得劳动行政部门的批准，那么该约定可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
- 在这种情况下，企业应按照标准工时制（即每日工作8小时，每周工作40小时）来安排员工的工作时间，并支付相应的工资报酬。
二、未获批综合工时制下的员工权益保护
要求企业按标准工时制支付工资：
- 如果企业未经审批擅自实行综合工时制，员工有权要求企业按照标准工时制支付工资。
- 这意味着，如果员工实际工作时间超过了标准工时制下的工作时间，企业应支付加班费。
向劳动行政部门投诉：
- 员工可以向当地的劳动行政部门投诉企业的违法行为。
- 劳动行政部门有权对企业进行调查，并要求企业改正违法行为，如补办综合工时制的审批手续或按照标准工时制支付工资等。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果企业拒绝改正违法行为或拒绝支付加班费等，员工可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求企业支付相应的工资报酬和加班费。
- 对劳动仲裁结果不服的，员工还可以向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
三、企业应对建议
及时补办审批手续：
- 如果企业希望实行综合工时制，应及时向劳动行政部门申请审批，并获得批准后再在劳动合同中约定。
与员工协商修改劳动合同：
- 如果劳动合同中已经约定了综合工时制但未获批，企业应与员工协商修改劳动合同，明确按照标准工时制或其他合法工时制度执行。
加强内部管理：
- 企业应加强内部管理，确保工时制度的合法性和合规性，避免因工时制度问题引发劳动纠纷。
进一步思考：在实际操作中，企业可能因各种原因未能及时获得综合工时制的审批。在这种情况下，企业应积极与员工沟通，说明情况，并寻求员工的理解和支持。同时，企业也应尽快补办审批手续或调整工时制度，以避免不必要的法律风险。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。