针对您提出的企业综合工时制没申请怎么办的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、理解综合工时制
综合工时制是一种特殊的工时制度，它以标准工作时间为基础，以一定期限（如周、月、季、年）为周期，综合计算工作时间。这种制度适用于因工作性质特殊，需要连续作业，或受季节、自然条件限制，或生产任务不均衡等情形下的工作岗位。
二、未申请综合工时制的后果
如果您的企业未按照规定申请综合工时制，而擅自实行，这可能会带来一系列的法律风险。根据相关法律法规，未经审批自行实行或者未按批复范围和时效实行特殊工时的，有关部门将依法追究法律责任，包括但不限于罚款、责令改正等。
三、申请综合工时制的流程
确定实施岗位：
- 企业需要首先确定哪些岗位符合综合工时制的实施条件，如因工作性质特殊需要连续作业的人员、生产经营受季节和自然条件限制的人员等。
向职工说明：
- 企业应向涉及岗位的职工说明申请综合工时制的理由、工作时间和休息休假安排，确保职工充分了解并同意。
征得同意：
- 企业需要征得企业工会或职工代表的同意，或者取得职工本人的书面同意。
准备申请材料：
- 包括实行综合计算工时工作制的书面申请，内容应涵盖工资支付、休息休假办法、劳动保护和安全卫生条件措施等；
- 营业执照副本及复印件；
- 职工代表大会（或职工大会）同意实行特殊工时制的决议，并附参会代表同意实行特殊工时制的签名册等；
- 书面劳动合同样本，签订了集体合同的需提供集体合同样本。
提交申请：
- 企业应将准备好的申请材料提交至当地的人力资源社会保障部门，进行审批。
取得批准决定：
- 人力资源社会保障部门会对企业的申请进行审核，如果符合条件，会出具批准决定。
与劳动者约定：
- 企业取得批准后，应与劳动者在劳动合同和集体合同里约定实行综合计算工时制。
四、建议与注意事项
- 及时申请：如果您的企业确实需要实行综合工时制，建议尽快按照上述流程进行申请，以避免法律风险。
- 合规操作：在实行综合工时制的过程中，企业应确保合规操作，如合理安排工作时间和休息休假，保障劳动者的合法权益。
- 关注政策变化：由于相关法律法规和政策可能会发生变化，企业应密切关注相关动态，及时调整和完善自身的工时制度。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。