核心结论：针对员工因提成未发而申请预支工资的情况，企业应结合法律规定、内部规章制度及双方协商，采取合理且合法的处理方式。以下从不同角度展开分析：

1. 法律层面分析

   • 提成性质认定：提成属于劳动报酬的一部分，若双方劳动合同或规章制度中明确约定了提成计算方式、发放条件及时间，企业应按约定履行。若未约定，则需根据行业惯例或实际履行情况判断。
     
   • 预支工资合法性：我国《劳动法》《劳动合同法》未明确禁止预支工资，但需满足以下条件：
     
     • 预支金额不超过员工当月应得工资总额；
       
     • 双方协商一致并签订书面协议，明确预支性质（如借款或提前发放部分工资）、还款方式及违约责任；
       
     • 不得损害员工基本生活保障（如最低工资标准）。
       
   • 风险提示：若企业单方面强制预支或扣减提成，可能构成拖欠工资，员工有权依据《劳动合同法》第38条解除合同并主张经济补偿。

2. 企业操作建议

   • 核查提成发放条件：
     
     • 确认提成是否已满足发放条件（如项目完成、客户回款等）；
       
     • 若因企业原因延迟发放（如财务流程、客户未付款），应向员工说明情况并承诺补发时间。
       
   • 协商预支方案：
     
     • 若员工确有困难，可协商预支部分工资或提成，但需签订书面协议，明确预支性质为“借款”或“提前发放”，并约定还款方式（如从后续工资中扣除）；
       
     • 避免将预支与提成直接抵扣，除非员工书面同意，否则可能引发争议。
       
   • 完善内部制度：
     
     • 在劳动合同或规章制度中明确提成计算、发放规则及预支工资流程；
       
     • 设立提成发放台账，保留相关证据（如项目合同、回款凭证等），以备纠纷时举证。

3. 员工权益保护

   • 要求企业书面说明：若企业拒绝发放提成或预支工资，员工可要求企业出具书面说明，明确拒绝理由及依据；
     
   • 投诉与仲裁：若企业存在拖欠工资行为，员工可向当地劳动监察部门投诉，或依据《劳动争议调解仲裁法》申请仲裁，主张提成及经济补偿。

总结：企业应优先核查提成发放条件，与员工协商预支方案并签订书面协议，同时完善内部制度以规避风险；员工则需保留相关证据，依法维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。