结论：甲方在格式合同中约定与已工作20年的乙方签订固定期限合同，这一行为的合法性需结合具体情况判断，但一般情况下，若乙方同意且合同内容不违反法律法规强制性规定，该约定是合法的。不过，也存在特殊情况，如乙方符合签订无固定期限劳动合同的条件，而甲方未依法签订，则该约定可能违法。
分析说明：
一般情况下的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同分为固定期限劳动合同、无固定期限劳动合同和以完成一定工作任务为期限的劳动合同。
- 固定期限劳动合同是双方约定合同终止时间的劳动合同。只要双方协商一致，且合同内容不违反法律法规的强制性规定，签订固定期限劳动合同是合法的。
- 在本题中，乙方已工作20年，但这并不直接决定劳动合同的类型。若乙方同意与甲方签订固定期限劳动合同，且合同内容合法，则该约定是有效的。
特殊情况下的违法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十四条的规定，有下列情形之一，劳动者提出或者同意续订、订立劳动合同的，除劳动者提出订立固定期限劳动合同外，应当订立无固定期限劳动合同：
- （一）劳动者在该用人单位连续工作满十年的；
- （二）用人单位初次实行劳动合同制度或者国有企业改制重新订立劳动合同时，劳动者在该用人单位连续工作满十年且距法定退休年龄不足十年的；
- （三）连续订立二次固定期限劳动合同，且劳动者没有本法第三十九条和第四十条第一项、第二项规定的情形，续订劳动合同的。
- 在本题中，若乙方已连续工作满十年，且符合上述其他条件（如未提出订立固定期限劳动合同），则乙方有权要求签订无固定期限劳动合同。若甲方未依法与乙方签订无固定期限劳动合同，而强行约定签订固定期限劳动合同，则该约定可能违法。
法律建议：
对于乙方：
- 若乙方希望继续与甲方签订劳动合同，且符合签订无固定期限劳动合同的条件，可以主动向甲方提出签订无固定期限劳动合同的要求。
- 若甲方拒绝签订无固定期限劳动合同，而强行约定签订固定期限劳动合同，乙方可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
对于甲方：
- 在与乙方签订劳动合同时，应严格遵守法律法规的规定，尊重乙方的合法权益。
- 若乙方符合签订无固定期限劳动合同的条件，甲方应依法与乙方签订无固定期限劳动合同，避免引发劳动争议。
可能后果：
- 若甲方违法约定签订固定期限劳动合同，可能面临劳动争议仲裁委员会的裁决，要求甲方与乙方签订无固定期限劳动合同，并可能承担相应的法律责任。
- 若乙方因此遭受损失，甲方还可能面临赔偿损失的法律责任。
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