若判决书确实引用了劳社部发〔2005〕12号文中已被废止的条款，则属于法律适用错误，构成违法；但需结合具体条款废止时间、案件审理时间及是否影响判决结果综合判断。以下是具体分析：

1. 法律适用错误的核心依据
   根据《立法法》第九十二条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉时间效力的若干规定》第一条，法院裁判应当以现行有效的法律、行政法规、部门规章为依据。若劳社部发〔2005〕12号文中的某条款已被后续文件明确废止（如劳社部后续通知、新法规替代等），而判决书仍引用该废止条款作为裁判依据，则直接违反“以现行有效规范为准”的基本原则，构成法律适用错误。

2. 需重点核查的3个关键点

   • 条款废止时间：需确认该条款的具体废止时间（如通过劳社部后续文件、国务院公告等）。若废止时间早于案件一审立案时间，则法院引用废止条款必然违法；若废止时间在案件审理期间，则需进一步分析法院是否知晓废止事实（如是否通过当事人举证、法院主动核查等）。
     
   • 案件审理时间：若案件一审立案时间早于条款废止时间，但判决作出时间晚于废止时间，法院原则上应适用新规（除非新规不溯及既往）。此时若仍引用废止条款，可能构成程序违法。
     
   • 条款对判决结果的影响：即使法院引用了废止条款，若该条款内容与现行有效规范实质一致（如仅是表述调整），或对判决结果无实质影响（如其他证据已充分支持判决），则可能不构成“重大违法”；但若条款内容差异导致判决结果明显不同，则必然违法。

3. 救济途径
   若当事人发现判决书引用了废止条款，可通过以下方式维权：

   • 上诉/申诉：在上诉期（一审判决后15日）内提起上诉，或针对已生效判决申请再审（一般需在判决生效后6个月内），主张“法律适用错误”作为法定事由；
     
   • 申请检察监督：向检察院申请民事/行政检察监督，由检察院依法提出抗诉或检察建议；
     
   • 证据固定：收集废止条款的官方文件（如劳社部公告、国务院备案记录等）、案件审理时间节点证据（如立案通知书、判决文书落款时间等），作为上诉/申诉的核心证据。

建议：若您遇到此类情况，可进一步提供判决书引用的具体条款名称、废止文件依据及案件审理时间节点，我将结合具体细节为您分析法律适用错误的严重性及维权策略。