结论：公司自行填写离职时间的行为是否合法，需根据具体情况判断。若公司无法证明离职时间的真实性且未经你确认，则该行为不合法；若公司能提供充分证据证明离职时间且你无异议，则可能合法。以下从不同角度详细分析：

1. 离职时间填写的合法性基础

   • 根据《劳动合同法》及相关规定，劳动合同的解除或终止时间应当由双方协商一致确定，并应以书面形式明确记载。若你在入职时仅填写了“因个人原因离职”但未注明具体离职时间，这实际上构成了一个不完整的离职约定。
   • 在此情况下，公司自行填写离职时间，相当于单方面对劳动合同进行了修改。根据法律规定，单方面修改劳动合同需经对方同意，否则修改无效。因此，若公司无法证明其填写的离职时间是你同意或认可的，且未经你书面确认，则该行为不合法。

2. 公司可能主张的合法性理由及反驳

   • 公司主张：公司可能主张其填写的离职时间是根据你的实际离职情况或公司规定确定的，且你未提出异议，因此应视为合法。
   • 反驳：即使公司有其内部规定或认为你的离职时间符合某种情况，但这并不能作为单方面填写离职时间的合法依据。除非公司能提供充分证据证明你同意或认可该离职时间，如你签字确认的离职申请、与公司协商一致的记录等，否则公司的主张难以成立。

3. 你的权益保护及建议

   • 权益保护：若你认为公司自行填写的离职时间不合法，且该时间对你造成了不利影响（如影响经济补偿、社保缴纳等），你有权向劳动仲裁机构申请仲裁，要求确认实际的离职时间并维护自己的合法权益。
   • 建议：
     • 收集证据：尽快收集与离职时间相关的证据，如工作记录、考勤记录、与公司的沟通记录等，以证明你的实际离职时间。
     • 与公司协商：在申请仲裁前，可以尝试与公司协商解决争议，看是否能达成一致意见。
     • 申请仲裁：若协商无果，及时向劳动仲裁机构申请仲裁，并提交相关证据支持你的主张。

4. 特殊情况下的合法性判断

   • 如果公司在你离职后，根据你实际离职的情况（如你最后一天上班的记录、你交还工作物品的时间等）合理推断出离职时间，并且这一时间与你实际离职情况相符，同时你也未对此提出异议，那么在这种情况下，公司填写的离职时间可能被视为合法。但即便如此，公司也应尽可能与你进行书面确认，以避免后续争议。

总结与进一步行动建议：公司自行填写离职时间的行为是否合法，取决于其是否能提供充分证据证明该时间的真实性和你的认可。若你认为公司行为不合法且对你造成了不利影响，建议尽快收集证据并向劳动仲裁机构申请仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。