结论：员工在违纪行为正在调查中时提出辞职，公司是否可以不同意，需根据具体情况来判断。一般来说，如果员工是主动辞职且符合法定或公司规定的辞职程序，公司通常不能单方面拒绝；但如果员工辞职可能影响违纪调查的进行或存在其他特殊情况，公司可能有权暂时不同意或采取其他措施。

分析说明：

1. 员工主动辞职的法定权利：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工享有提前通知解除劳动合同的权利。通常情况下，员工提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。在试用期内，员工提前三日通知用人单位，也可以解除劳动合同。
   • 如果员工按照法定程序提出辞职，且不存在违反法律法规或公司规章制度的行为，公司一般不能单方面拒绝员工的辞职申请。

2. 违纪行为调查中的特殊情况：

   • 如果员工的违纪行为正在调查中，且该行为可能涉及严重违反公司规章制度或法律法规，公司可能需要员工配合调查以查明事实真相。
   • 在这种情况下，如果员工提出辞职，公司可能会担心员工辞职后不再配合调查，从而影响调查的进行和结果的公正性。因此，公司可能会根据内部规章制度或相关法律法规，暂时不同意员工的辞职申请，或要求员工在调查结束后再办理离职手续。

3. 公司规章制度的适用：

   • 许多公司会在规章制度中明确规定员工在违纪行为调查期间的辞职程序。例如，可能要求员工在调查期间不得辞职，或需要经过特定程序（如得到上级批准）才能辞职。
   • 如果公司有这样的规章制度，并且该规章制度已经向员工公示或告知，那么公司在员工违纪行为调查期间拒绝其辞职申请可能是合法的。

4. 法律后果与风险：

   • 如果公司无正当理由拒绝员工的合法辞职申请，员工可能会向劳动争议仲裁委员会或法院提起诉讼，要求确认劳动合同解除并支付相应的经济补偿。
   • 因此，公司在处理员工在违纪行为调查中提出的辞职申请时，应谨慎评估法律后果和风险，并遵循相关法律法规和公司规章制度的规定。

建议与行动指南：

• 对于公司：在处理员工在违纪行为调查中提出的辞职申请时，应首先审查公司规章制度和相关法律法规的规定。如果公司规章制度允许或要求在调查期间拒绝员工的辞职申请，公司应确保该规章制度已经向员工公示或告知，并遵循法定程序进行处理。同时，公司应尽快完成调查，并根据调查结果作出相应处理。
• 对于员工：如果员工在违纪行为调查中提出辞职申请，应了解自己的法定权利和公司规章制度的规定。如果公司无正当理由拒绝辞职申请，员工可以与公司协商或向劳动争议仲裁委员会或法院提起诉讼以维护自己的合法权益。

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