纪委发现员工有违纪线索时，是否同意员工辞职，并没有一个固定的答案，而是取决于多种因素的综合考量。以下从几个角度为你详细分析：

1. 违纪线索的性质与严重程度：

   • 如果违纪线索涉及的是轻微违规，且员工主动承认错误、积极配合调查，纪委可能会考虑员工的个人情况，如家庭、健康等因素，以及员工对公司的贡献，从而在适当的情况下同意员工辞职。
   • 如果违纪线索涉及严重违法违纪行为，如贪污、受贿、滥用职权等，纪委通常会优先进行深入调查，以查清事实真相。在这种情况下，员工提出辞职可能会被视为逃避调查的行为，纪委可能会拒绝辞职申请，直至调查结束并作出相应处理。

2. 公司规章制度与内部流程：

   • 不同公司有不同的规章制度和内部流程。有些公司可能规定，在员工涉嫌违纪的情况下，必须等待调查结果出来后才能处理辞职申请。
   • 有些公司则可能根据具体情况，灵活处理员工的辞职申请。因此，员工在提出辞职前，应仔细阅读公司规章制度，了解内部流程，以便做出更合理的决策。

3. 法律与合规要求：

   • 纪委在处理员工违纪线索时，必须遵守相关法律法规和合规要求。如果员工辞职可能影响调查的进行或违反法律法规，纪委有权拒绝辞职申请。
   • 例如，如果员工涉嫌犯罪，纪委可能会将案件移交司法机关处理，此时员工的辞职申请可能会被搁置或拒绝。

4. 员工与公司的沟通与协商：

   • 在处理此类问题时，员工与公司的沟通与协商至关重要。员工可以主动向纪委或人力资源部门说明自己的情况，表达辞职的意愿和理由。
   • 公司也应积极与员工沟通，了解员工的想法和需求，同时考虑公司的利益和形象，寻求双方都能接受的解决方案。

给你的建议：

• 如果你或你身边的人面临类似情况，建议首先保持冷静，仔细阅读公司规章制度，了解内部流程。
• 主动与纪委或人力资源部门沟通，说明自己的情况和辞职意愿，同时积极配合调查工作。
• 如果对处理结果有异议或需要法律帮助，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。