结论：员工在违纪受处罚前申请辞职，公司是否可以不同意，需根据具体情况来判断，一般来说，如果员工是正常辞职且符合法定程序，公司通常不能拒绝；但如果员工存在严重违纪行为，公司可能依据规章制度或劳动合同约定拒绝其辞职申请或采取其他措施。以下是对此问题的详细分析：
一、正常辞职情况
法定辞职权利：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工享有辞职的权利。员工提前三十日以书面形式通知用人单位（在试用期内提前三日），可以解除劳动合同。这是员工的法定权利，公司应当尊重并配合办理相关手续。
公司拒绝的合法性：
- 在员工正常辞职且符合法定程序的情况下，公司通常没有合法理由拒绝员工的辞职申请。如果公司拒绝，员工可以通过劳动仲裁等法律途径维护自己的权益。
二、员工违纪情况
违纪行为的认定：
- 如果员工存在严重违纪行为，如违反公司规章制度、严重失职、营私舞弊等，公司有权依据规章制度或劳动合同约定对其进行处理，包括警告、罚款、降职、解雇等。
公司拒绝辞职的合理性：
- 在员工违纪的情况下，公司可能认为员工的辞职申请是在逃避处罚或责任，因此可能拒绝其辞职申请，或者要求员工先接受处罚再办理辞职手续。然而，这种拒绝是否合法，需根据具体情况和公司规章制度来判断。
- 如果公司规章制度中明确规定了员工在违纪情况下不得辞职或需先接受处罚再辞职，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司拒绝员工的辞职申请可能具有一定的合理性。但即便如此，公司也应确保处理程序的合法性和公正性，避免侵犯员工的合法权益。
法律建议：
- 对于员工而言，如果认为自己没有违纪或违纪行为轻微，且已按照法定程序提出辞职申请，而公司拒绝办理辞职手续，员工可以向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司办理辞职手续并支付相应的工资和经济补偿（如有）。
- 对于公司而言，如果员工存在严重违纪行为，公司应依据规章制度或劳动合同约定进行处理，并确保处理程序的合法性和公正性。如果公司决定拒绝员工的辞职申请，应明确告知员工拒绝的理由和依据，并避免侵犯员工的合法权益。
三、特殊情况考虑
- 如果员工在辞职前已经受到公司的违纪处罚，且处罚已经执行完毕，那么员工提出辞职申请时，公司通常不能以之前的违纪行为为由拒绝其辞职。
- 如果员工在辞职前正在接受公司的违纪调查或处理程序，且该程序尚未结束，那么公司可能要求员工等待处理结果出来后再办理辞职手续。但这种情况下，公司应确保处理程序的及时性和公正性，避免无故拖延员工的辞职时间。
总结与建议：员工在违纪受处罚前申请辞职，公司是否可以不同意需根据具体情况来判断。如果员工是正常辞职且符合法定程序，公司通常不能拒绝；如果员工存在严重违纪行为，公司可能依据规章制度或劳动合同约定拒绝其辞职申请或采取其他措施。在任何情况下，公司和员工都应遵守法律法规和公司规章制度的规定，确保处理程序的合法性和公正性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。