员工涉嫌违纪时，公司不能单纯以此为由不让其离职。员工离职的权利受到法律保护，但同时，员工涉嫌违纪也可能影响其与公司的劳动关系。以下是对这一问题的详细分析：

1. 员工离职权利：

   • 员工有自主择业的权利，可以自由选择是否就业、在何处就业。对于员工的辞职申请，公司一般情况下应当予以批准。
   • 然而，这一权利并非绝对。在某些特定情况下，如员工同时具备公职身份且涉嫌违法犯罪，在被立案调查期间，其辞职权利可能会受到限制。

2. 员工涉嫌违纪的影响：

   • 如果员工涉嫌违纪，公司可以根据其规章制度和相关法律法规，对员工进行相应的纪律处分，包括警告、罚款、降职、辞退等。
   • 但公司不能单纯以员工涉嫌违纪为由，拒绝其离职申请。如果员工提出离职，公司应当按照法定程序处理，如与员工协商、办理离职手续等。

3. 公司应如何应对：

   • 公司应当建立健全的规章制度，明确员工违纪行为的认定和处理程序。
   • 在员工涉嫌违纪时，公司应当及时进行调查，并根据调查结果采取相应的纪律措施。
   • 如果员工提出离职，公司应当按照法定程序处理，并确保离职手续的合法性和完整性。

4. 法律建议：

   • 公司在处理员工离职和违纪问题时，应当遵循法律法规和规章制度，确保处理过程的合法性和公正性。
   • 如果公司遇到复杂的法律问题或纠纷，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持。

综上所述，员工涉嫌违纪时，公司不能单纯以此为由不让其离职。公司应当遵循法律法规和规章制度，妥善处理员工的离职和违纪问题。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的咨询，请直接向我提问。