国企员工在单位有违纪行为，是可以主动辞职的。不过，这一行为及其后果需要从多个角度进行详细分析：
一、辞职的合法性
辞职权：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有辞职权，即劳动者可以提前三十日以书面形式通知用人单位，解除劳动合同。在试用期内，劳动者只需提前三日通知用人单位即可。因此，无论员工是否有违纪行为，都享有辞职的权利。
违纪行为与辞职：违纪行为本身并不剥夺员工的辞职权。但是，如果员工的违纪行为严重到违反了用人单位的规章制度，且该规章制度经过民主程序制定并公示，用人单位有权依据规章制度对员工进行相应的处理，包括解除劳动合同。然而，这并不影响员工主动提出辞职的权利。
二、辞职后的法律后果
经济补偿：如果员工主动辞职，且没有用人单位存在《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条规定的情形（如未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等），则员工无权要求用人单位支付经济补偿。
违纪行为的处理：如果员工在辞职前存在违纪行为，用人单位有权依据规章制度对员工进行处理。这种处理可能包括警告、罚款、降职、解除劳动合同等。但是，如果员工已经主动辞职，且辞职行为在违纪行为处理之前或同时发生，用人单位的处理可能会受到一定限制，具体取决于违纪行为的性质、严重程度以及用人单位的规章制度。
离职证明与档案转移：无论员工因何种原因离职，用人单位都应当为其出具离职证明，并在十五日内为其办理档案和社会保险关系转移手续。这是用人单位的法定义务，不得因员工存在违纪行为而拒绝履行。
三、建议与注意事项
了解规章制度：在提出辞职前，员工应当仔细阅读用人单位的规章制度，了解自己的违纪行为可能带来的后果。如果违纪行为严重，且可能面临解除劳动合同等严厉处理，员工可以考虑在辞职前与用人单位进行协商，以减轻或避免不利后果。
书面辞职：为了确保辞职行为的合法性和有效性，员工应当以书面形式向用人单位提出辞职申请，并保留好相关证据。这样可以在后续可能出现的纠纷中证明自己的辞职行为。
咨询专业意见：如果员工对辞职后的法律后果存在疑虑或担忧，可以咨询专业律师或法律机构，以获取更详细、更准确的法律意见。
作为李孝征律师，我擅长处理劳动工伤等领域的法律问题。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。