在行政处罚中，对主要负责人的处罚并不需要另外立案，而是可以在同一案件中作出两个处罚决定。以下是对这一问题的详细分析：
法律依据与行政实践
行政处罚的相对性：
- 行政处罚是针对违法行为人作出的，违法行为人既可以是单位，也可以是个人。在单位违法的情况下，除了对单位进行处罚外，还可以对直接负责的主管人员和其他直接责任人员进行处罚。
- 这种处罚的相对性意味着，在同一违法事实下，可以同时存在对单位和对个人的处罚决定，而无需分别立案。
行政处罚的合并处理：
- 在行政实践中，当单位违法且需要追究主要负责人责任时，行政机关通常会在同一案件中同时调查单位违法行为和主要负责人责任。
- 在作出处罚决定时，行政机关会分别针对单位和主要负责人作出处罚决定，但这两个决定是基于同一违法事实和同一调查程序作出的，因此不需要另外立案。
实际操作中的考虑因素
案件效率与公正：
- 将单位处罚和主要负责人处罚在同一案件中处理，可以提高案件处理效率，避免重复调查和审理。
- 同时，这种处理方式也有助于确保案件处理的公正性，因为同一调查程序可以确保对单位和主要负责人的违法行为进行全面、客观的评估。
法律文书的制作：
- 在同一案件中作出两个处罚决定时，行政机关需要分别制作针对单位和主要负责人的处罚决定书。
- 这些决定书应明确载明处罚对象、违法事实、处罚依据和处罚内容等信息，以确保处罚的合法性和有效性。
可能的法律后果与建议
法律后果：
- 如果行政机关在同一案件中未对主要负责人进行处罚，而主要负责人确实存在违法行为，那么主要负责人可能面临后续的法律追责。
- 反之，如果行政机关错误地对主要负责人进行了处罚，而主要负责人并未参与或不知情违法行为，那么主要负责人有权依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
建议：
- 对于行政机关而言，在处理单位违法案件时，应全面调查并评估主要负责人的责任，确保在同一案件中作出全面、公正的处罚决定。
- 对于主要负责人而言，如果认为自己并未参与或不知情违法行为，应积极配合行政机关的调查工作，并在必要时依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的权益。
综上所述，在行政处罚中，对主要负责人的处罚并不需要另外立案，而是可以在同一案件中作出两个处罚决定。这种处理方式既符合行政处罚的相对性原则，也有助于提高案件处理效率和确保案件处理的公正性。如果您在行政处罚方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。