针对安全生产行政处罚中，对同一责任主体的多个违法行为是否要分别立案的问题，结论如下：

1. 一般情况下，应分别立案：

   • 法律依据与原则：根据行政处罚的基本原则，特别是“一事不再罚”原则（但需注意，此原则主要针对同一违法行为不得给予两次以上同种类的行政处罚，并不妨碍对多个不同违法行为分别处罚），以及行政处罚的针对性和准确性要求，对同一责任主体的多个违法行为，通常应分别立案。这样做有助于清晰界定每个违法行为的性质、情节及后果，确保处罚的公正性和合理性。
   • 实践操作：在实际操作中，安全生产监管部门会根据违法行为的种类、性质、情节及危害程度等因素，对每个违法行为进行独立评估，并分别作出行政处罚决定。这既符合法律精神，也便于后续的执行和监督。

2. 特殊情况下，可合并处理但需谨慎：

   • 合并处理的条件：虽然一般情况下应分别立案，但在某些特殊情况下，如多个违法行为之间存在紧密的关联性，或者出于提高行政效率、减少当事人负担的考虑，监管部门可能会考虑合并处理。然而，这种合并处理必须严格遵循法律规定，确保不损害当事人的合法权益，且合并后的处罚应能准确反映各违法行为的性质和情节。
   • 谨慎操作的原因：合并处理需要谨慎，因为一旦操作不当，可能会引发法律争议，如被认为违反了“一事不再罚”原则（如果错误地将多个不同违法行为视为同一行为进行处罚），或者导致处罚过轻或过重，从而损害法律的公正性和权威性。

3. 法律建议与风险提示：

   • 对监管部门的建议：监管部门在处理此类案件时，应严格按照法律规定和程序操作，确保每个违法行为都得到恰当的处理。如果需要合并处理，应充分说明理由，并确保合并后的处罚符合法律要求。
   • 对当事人的提示：对于同一责任主体而言，如果面临多个违法行为的指控，应积极配合监管部门的调查，如实陈述事实，提供相关证据。同时，也有权对处罚决定提出异议或申请行政复议、提起行政诉讼等，以维护自己的合法权益。

总结来说，在安全生产行政处罚中，对同一责任主体的多个违法行为，一般情况下应分别立案处理，以确保处罚的公正性和合理性。在特殊情况下，虽然可以考虑合并处理，但必须严格遵循法律规定，并谨慎操作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。