对于同一主体的多个违法行为，在大多数情况下是可以分别立案的，但具体还需根据案件的实际情况、两种行为的性质、牵连关系以及法律规定来决定。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
法律依据及原理
立案是司法机关对某一案件正式开始法律程序的行为，它标志着案件正式进入司法处理流程。根据行政执法和司法实践的相关规则，不同的违法行为如果各自符合独立的立案标准和构成要件，就应当分别进行立案处理。这一原则主要基于以下几点考虑：
违法行为的独立性：每种违法行为都可能涉及不同的法律规定、违法情节及社会危害，因此需要独立评价和处理。例如，盗窃行为和殴打行为分别侵犯了公私财物所有权和他人的人身健康权利，违反了不同的法律规定，因此应当分别立案。
准确认定事实、适用法律：分别立案有助于司法机关更清晰地审理案件，确保每种违法行为都能得到适当的法律评价和处理。这有助于维护法律的公正性和权威性。
保护当事人合法权益：通过分别立案，可以更准确地界定当事人的责任，避免因其中一种行为而掩盖或忽视另一种行为的法律后果。这有助于保护当事人的合法权益，确保司法公正。
实践操作中的考量因素
在实际操作中，是否分别立案通常取决于以下几个关键因素：
法律关系与事实判断：需要判断两种违法行为是否属于同一法律关系或同一法律事实。如果它们相互独立，互不包容，则更倾向于分别立案。例如，如果当事人既实施了盗窃行为，又实施了诈骗行为，且这两种行为没有直接的关联，那么就应当分别立案。
牵连关系分析：需要分析两种违法行为之间是否存在牵连关系，即一种行为是否是另一种行为的必然结果或手段。若存在紧密的牵连关系，可能会考虑合并处理以提高司法效率。但这种情况相对较少，且需要严格的法律判断和事实认定。
案件查清与维护权益：分别立案是否更有利于查清案件事实，保护当事人合法权益，以及维护社会秩序和公共利益。这是决定是否分别立案的重要考量。如果分别立案更有利于案件的查清和当事人权益的保护，那么就应当选择分别立案。
举例说明与应用指导
以当事人甲为例，他既实施了盗窃行为，又实施了殴打他人的行为。这两种行为分别侵犯了公私财物所有权和他人的人身健康权利，违反了不同的法律规定，且没有直接的牵连关系。因此，应当分别立案侦查或查处，以准确认定其行为性质和责任。
然而，在某些特殊情况下，如为实施某一犯罪而进行的预备行为与后续的实行行为，可能因行为之间的紧密牵连关系而选择合并处理。这需要根据具体的法律规定和案件情况来判断。例如，如果当事人为了实施盗窃行为而先进行了撬锁行为，那么撬锁行为和盗窃行为可能因存在紧密的牵连关系而被合并处理。
总结与建议：
对于同一主体的多个违法行为，是否可以分别立案需综合考虑多种因素。如果你面临这样的情况，或者有任何关于司法行政、诉讼管辖、办案流程等方面的法律问题，都可以直接向我咨询。我将根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助，确保你的权益得到充分保障。