一个公司存在三个不同的违法行为，是否需要分别立案，这主要取决于违法行为的性质、执法机关的调查程序以及相关法律法规的具体规定。以下从几个角度进行详细分析：
违法行为的性质与独立性：
- 如果三个违法行为是相互独立的，即每个行为都单独构成了违法，且彼此之间没有直接的关联或依赖关系，那么通常情况下，执法机关会针对每个违法行为分别进行立案调查。这是因为每个违法行为都可能涉及不同的法律条款、证据收集和法律责任认定。
- 例如，一个公司可能同时存在环境污染、偷税漏税和虚假宣传三个违法行为。这三个行为分别违反了环境保护法、税法和消费者权益保护法，因此执法机关会分别立案处理。
执法机关的调查程序：
- 不同的执法机关（如环保局、税务局、市场监管局等）在调查程序上可能有所不同。有些机关可能更倾向于对同一主体的多个违法行为进行合并调查，以提高效率；而有些机关则可能坚持分别立案，以确保调查的全面性和准确性。
- 此外，如果三个违法行为涉及多个执法机关，那么每个机关都可能根据自己的职责范围分别立案调查。
相关法律法规的具体规定：
- 某些法律法规可能明确规定了对于同一主体的多个违法行为应如何处理。例如，有些法律可能规定，对于同一主体的多个相似违法行为，可以合并立案并合并处罚；而对于性质完全不同的违法行为，则应分别立案。
- 因此，在具体案件中，需要仔细查阅相关法律法规，以确定是否需要分别立案。
实际操作中的考虑因素：
- 在实际操作中，执法机关还会考虑案件的复杂性、证据收集的难易程度、法律责任认定的清晰度等因素。如果三个违法行为相互交织、难以分割，或者证据收集存在困难，那么执法机关可能会选择合并立案调查。
- 然而，如果每个违法行为都有明确的证据和法律依据，且法律责任认定相对清晰，那么分别立案调查可能更为合适。
建议：
- 对于公司而言，如果面临多个违法行为的指控或调查，应积极配合执法机关的工作，提供必要的证据和资料。
- 同时，公司也可以咨询专业律师（如我江伟律师，专注于公司事务等领域），以了解具体案件的法律风险和应对策略。
- 在处理多个违法行为时，公司应确保每个行为都得到妥善处理，避免因为处理不当而引发更大的法律风险。
总之，一个公司存在三个不同的违法行为是否需要分别立案，取决于多种因素的综合考虑。如果有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。