结论是：劳动合同里约定了考勤扣款，若该条款合法且实际扣款符合规定，一般不能直接通过仲裁主张返还；但若条款违法或扣款不合理，则可以申请劳动仲裁维护权益。以下从不同角度详细分析：
一、考勤扣款条款的合法性
合法性判断：
- 劳动合同中关于考勤扣款的条款，若符合法律法规的规定，且双方在平等自愿、协商一致的基础上签订，则该条款具有法律效力。例如，若公司因员工迟到、早退等违反公司规章制度的行为，按照合理比例扣减工资，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，那么这样的考勤扣款条款通常是合法的。
- 反之，如果考勤扣款条款违反了法律法规的强制性规定，如扣款比例过高、扣款原因不合理等，则该条款可能被认定为无效。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。同时，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。若考勤扣款条款违反了这些规定，则可能面临法律风险。
二、考勤扣款的实际合理性
合理性判断：
- 即使考勤扣款条款在形式上合法，但在实际执行过程中，如果扣款金额过高、扣款频率过密或扣款原因不合理等，也可能被认定为不合理扣款。例如，员工因轻微迟到一次就被扣减大量工资，这样的扣款显然是不合理的。
- 合理性判断通常需要考虑公司的规章制度、行业惯例以及员工的实际过错程度等因素。
案例参考：
- 在实际案例中，法院或劳动仲裁机构会综合考虑多种因素来判断考勤扣款的合理性。如果扣款行为被认定为不合理，那么员工有权要求公司返还被扣减的工资。
三、申请劳动仲裁的途径
仲裁条件：
- 如果员工认为劳动合同中的考勤扣款条款违法或实际扣款不合理，且与公司协商无果，那么可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁。
- 申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据证明自己的主张，如劳动合同、工资条、考勤记录等。
仲裁流程：
- 员工向劳动仲裁机构提交仲裁申请书及相关证据材料。
- 劳动仲裁机构受理申请后，会组织双方进行调解或开庭审理。
- 根据审理结果，劳动仲裁机构会作出裁决书，裁决公司是否需要返还被扣减的工资。
四、建议与注意事项
建议：
- 在签订劳动合同时，员工应仔细阅读合同条款，特别是关于考勤扣款的部分，确保自己了解并同意相关条款。
- 如果公司存在不合理扣款行为，员工应及时与公司沟通协商，并保留好相关证据以备不时之需。
注意事项：
- 申请劳动仲裁需要一定的时间和精力投入，员工在决定申请前应充分考虑自己的实际情况和需求。
- 在仲裁过程中，员工应积极配合劳动仲裁机构的工作，如实陈述事实并提供相关证据。
若您遇到劳动合同中考勤扣款相关的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。