上班没打卡扣全勤是否可以申请劳动仲裁，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
可以申请劳动仲裁的情形
公司考勤制度违法或不合理：
- 若公司考勤制度中明确规定了打卡与全勤、工资等挂钩，但该制度本身违反了法律法规（如未经过民主程序制定、未公示等），或者打卡制度过于严苛、不合理，导致劳动者因合理原因未打卡而被扣全勤，劳动者有权申请劳动仲裁，要求公司纠正违法行为并赔偿损失。
公司未执行自身考勤制度：
- 如公司规章制度明确规定了必须打卡及未打卡的处理办法，却未按规定执行，而是随意扣全勤，劳动者可以依据《劳动合同法》等法律法规申请劳动仲裁，要求公司支付被扣的全勤工资。
未打卡有合理原因且公司未认可：
- 若劳动者因出差、紧急事务等特殊原因未能打卡，且能提供相应证据证明，但公司未予认可并扣全勤，劳动者可以申请劳动仲裁，要求公司支付全勤工资。在此情况下，劳动者需收集并保留好相关证据，如出差申请、紧急事务处理记录等。
公司以未打卡为由违法解除劳动关系：
- 如果公司以劳动者未打卡为由认定其旷工，并据此解除劳动合同，而该行为缺乏明确合理的考勤制度支持或未有效告知劳动者，此解除行为可能违法。劳动者可以申请劳动仲裁，要求公司支付赔偿金。
难以申请劳动仲裁的情况
公司无打卡规定或规定不明确：
- 若公司从未有打卡规定，或者规定不明确，导致劳动者因未打卡而被扣全勤的争议，通常不属于劳动仲裁的受理范围。因为在此情况下，公司并未明确将打卡与全勤、工资等挂钩，劳动者的权益未受到直接侵害。
未打卡有合理解释且公司已认可：
- 如劳动者因特殊原因未能打卡，且已向公司说明情况并获得认可，公司未扣全勤，则此类情况不适合劳动仲裁。因为在此情况下，劳动者的权益未受到损害。
考勤方式改变无实质影响：
- 如果公司只是改变了考勤方式（如从打卡改为签到），但未对劳动者的工资、工作时间、福利待遇等核心权益造成实质性影响，且不违反法律法规，则通常不构成劳动仲裁的理由。
劳动仲裁申请流程与注意事项
收集证据：
- 包括劳动合同、工资条、工作证、考勤相关聊天记录、工作邮件、出差申请、紧急事务处理记录等，确保证据真实、完整且与争议存在关联性。
提交申请：
- 向当地劳动仲裁机构提交仲裁申请，明确仲裁请求和事实理由，附上证据材料。在申请中，要详细说明未打卡的原因、公司扣全勤的依据以及自己的诉求。
参与仲裁：
- 按仲裁机构要求积极参与审理等环节，确保主张得到充分阐述。在仲裁过程中，要保持冷静、理性，遵守仲裁程序。
等待裁决：
- 仲裁庭通常在受理申请之日起四十五日内作出裁决，复杂案件可延期但不超过十五日。劳动者需耐心等待裁决结果，并做好执行裁决的准备。
注意时效：
- 劳动者应在劳动争议产生之日起一年内提出仲裁申请，避免超过时效。如果超过时效，将可能失去申请劳动仲裁的权利。
遵循法律程序：
- 在整个仲裁过程中，要严格依照法律程序履行主张和论据声明，确保合法合规。不要采取过激行为或违反法律法规的行为。
总结来说，上班没打卡扣全勤是否可以申请劳动仲裁，需根据具体情况来判断。如果公司考勤制度违法或不合理、未执行自身考勤制度、未打卡有合理原因且公司未认可、或者以未打卡为由违法解除劳动关系等情形下，劳动者可以申请劳动仲裁。在申请前，劳动者应仔细评估自身情况，收集充分证据，并遵循法定程序进行申请。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。