单位考核扣工资，劳动者是有权申请劳动仲裁来维护自身合法权益的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条：明确规定了因劳动报酬等发生的争议适用本法。工资作为劳动报酬的一部分，其被克扣的行为自然属于劳动争议范畴，劳动者因此有权申请劳动仲裁。
2. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这为劳动者维护自己的工资权益提供了明确的法律基础。

二、申请劳动仲裁的条件

虽然劳动者有权申请劳动仲裁，但能否成功维权还需满足一定条件。具体来说，以下情况劳动者可以申请劳动仲裁：

1. 单位无正当理由扣工资：若单位基于合法的规章制度扣减工资（如员工违反规定造成经济损失，按规定从工资中扣除赔偿），且扣除金额和方式符合规章制度，则这种扣减通常是合法的，劳动者不能通过劳动仲裁要求返还。但若单位无正当理由扣工资，如以考核不达标为由随意扣减，则劳动者可以申请劳动仲裁。
2. 准备好相关证据：劳动者需收集并准备好劳动合同、工资条、银行工资流水明细、考核制度、考核结果通知等相关证据，以证明单位存在扣工资的行为且该行为无正当理由。

三、申请劳动仲裁的流程

1. 提交仲裁申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请。申请书应详细说明申请人与被申请人的基本信息、仲裁请求（如要求支付克扣的工资数额、经济补偿等）、事实与理由（说明工资被克扣的具体情况）等内容，并附上收集的证据材料。
2. 等待受理与通知：仲裁委员会在收到申请后会进行审查，符合受理条件则予以受理，并将仲裁申请书副本送达被申请人，同时通知双方开庭时间。
3. 开庭审理：双方当事人在指定时间到达仲裁庭参加庭审。在庭审过程中，双方可以进行陈述、举证、质证等环节，就争议焦点进行辩论。
4. 裁决与执行：仲裁庭在审理后作出裁决。若用人单位对裁决结果不履行，劳动者可在规定期限内向法院申请强制执行。一般情况下，仲裁庭会在受理仲裁申请之日起45日内结束审理，案情复杂需要延期的，延长期限不得超过15日。

四、注意事项

1. 仲裁时效：劳动者应在扣工资行为发生之日起一年内提起仲裁，以确保符合《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》规定的仲裁时效。
2. 积极配合仲裁庭：在整个仲裁流程中，劳动者应积极配合仲裁庭的工作，提供必要的证据和材料，并按时参加庭审等活动。
3. 考虑维权成本与收益：在实际操作中，劳动者应考虑维权成本与收益。对于小额被扣工资，劳动者需权衡申请劳动仲裁的时间、精力成本与可能获得的赔偿金额。

综上所述，当单位考核扣工资且无正当理由时，劳动者可以依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请过程中，劳动者需确保扣工资行为是无正当理由的，并准备好相关证据材料。同时，劳动者也应注意仲裁时效和积极配合仲裁庭的工作，以确保自己的权益得到有效保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。