结论：迟到一次领导要扣三倍工资，这种做法一般是不合法的。

法律分析：

1. 工资扣除的合法性原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在扣除劳动者工资时，必须遵循合法、合理、公平的原则。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意克扣或无故拖欠。

2. 迟到与工资扣除的关系：

   • 迟到是劳动者违反用人单位规章制度的行为，但用人单位不能因此随意扣除劳动者工资，更不能采取不合理的扣除比例，如扣三倍工资。合理的做法可能是根据用人单位的规章制度，对迟到行为进行一定的罚款或扣减部分工资，但罚款或扣减的金额应当合理，且不能违反法律法规的规定。

3. 具体法律规定：

   • 虽然《中华人民共和国劳动法》没有直接规定迟到一次扣多少工资，但它规定了用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。如果用人单位因为劳动者迟到而扣除三倍工资，这很可能被视为克扣工资的行为，是违法的。
   • 另外，根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定也间接说明了工资扣除的合理性原则，即扣除的金额应当与劳动者的过错程度、经济损失大小等因素相适应。

4. 可能的法律后果：

   • 如果用人单位因为劳动者迟到而扣除三倍工资，劳动者可以向劳动监察部门投诉，要求用人单位支付被扣除的工资及可能的赔偿金。
   • 如果投诉未得到解决，劳动者还可以申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

建议：

• 作为劳动者，如果遇到用人单位因为迟到而扣除三倍工资的情况，应当首先与用人单位进行沟通，了解扣除工资的具体原因和依据。
• 如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣除的工资及可能的赔偿金。
• 在日常工作中，劳动者也应当遵守用人单位的规章制度，尽量避免迟到等违规行为的发生，以维护良好的劳动关系。

示例：

假设某劳动者月工资为5000元，因为一次迟到被用人单位扣除了1500元（即三倍工资的扣除方式，假设迟到罚款本应为500元但被不合理地扣除了三倍）。这种情况下，劳动者可以向劳动监察部门投诉，要求用人单位支付被扣除的1000元（1500元-合理的500元罚款）及可能的赔偿金。如果投诉未得到解决，劳动者还可以申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的权益。