针对“员工刚入职就怀孕如何处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得依据相关条款解除劳动合同。这意味着，即使员工刚入职就怀孕，单位也不能因此解除与她的劳动关系，否则将面临支付双倍经济补偿金的风险。

接下来，我们分析一些特殊情况：

1. 员工存在严重违规行为：

   • 如果员工在孕期存在严重违反劳动纪律、用人单位规章制度，或严重失职、营私舞弊对用人单位利益造成重大损害等行为，用人单位可以依据相关规定解除劳动合同，且无需支付经济补偿金。

2. 员工存在多重劳动关系且影响工作：

   • 如果员工同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出后拒不改正，用人单位也有权解除劳动合同。

3. 员工被依法追究刑事责任：

   • 在这种情况下，用人单位同样可以解除劳动合同。

然而，如果用人单位以员工故意隐瞒怀孕情况为由辞退员工，这将被视为就业歧视。员工有权向劳动行政部门投诉，要求进行调查处理，或者向人民法院提起诉讼。

针对实务操作，以下是一些建议：

1. 入职前体检：

   • 单位可以在入职前组织员工进行全面的体检，但这一行为应基于合法合规的前提，且体检结果不能作为解除劳动合同的唯一依据。

2. 避免签订无效承诺书：

   • 虽然与员工签订“承诺不怀孕”的入职承诺书在法律上是无效的，但单位不应试图通过这种方式来规避法律责任。相反，应尊重员工的合法权益。

3. 孕期员工的保护：

   • 对于处于孕期的员工，无论是否在试用期内，单位都不得强行解雇。如果确实需要解雇，应采取协商的方式，以降低解雇成本并避免法律纠纷。
   • 单位应给予孕期女职工适当的保护，如不得安排其从事国家规定的第三级体力劳动强度的劳动和孕期禁忌从事的活动，对怀孕七个月以上的女职工不得安排延长工作时间和夜班劳动等。

4. 合理调整工作安排：

   • 根据孕期女职工的身体状况和工作需要，单位可以合理调整其工作安排，如减轻工作量、调整工作岗位等，以确保员工的身体健康和工作效率。

综上所述，对于刚入职就怀孕的员工，单位应尊重其合法权益，遵守相关法律法规，通过合理调整工作安排和协商等方式来处理相关问题，以维护良好的劳动关系和单位形象。