针对您提出的“员工入职刚转正就怀孕怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，我国法律法规对女职工在孕期、产期、哺乳期的劳动保护有着明确且严格的规定，这些规定旨在保障女职工的合法权益，避免因生育而受到不公平对待。

一、法律法规依据

1. 《女职工劳动保护特别规定》：该规定明确指出，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。这意味着，无论女职工入职多久，只要处于“三期”（孕期、产期、哺乳期）内，用人单位都应保障其基本权益不受侵害。

2. 《广东省实施〈女职工劳动保护特别规定〉办法》（以广东省为例，其他地区也有类似规定）：该办法进一步细化了女职工在“三期”内的劳动保护措施，如减轻劳动量、安排适当岗位、不得安排加班或夜班劳动等，并明确了用人单位应支付的工资待遇和生育保险待遇。

二、具体处理建议

1. 保障基本权益：

   • 不降低工资：不得因女职工怀孕而降低其工资或调整工资构成，如底薪加绩效的方式若实质导致降薪，则属于违法行为。
   • 不解除合同：除非女职工存在严重违反公司规章制度或法律法规的行为，否则用人单位不得在“三期”内解除与其的劳动合同。

2. 合理安排工作：

   • 减轻劳动量：根据医疗机构的证明，对不能适应原劳动岗位的女职工，应减轻其劳动量或安排其他能够适应的岗位。
   • 避免加班和夜班：对怀孕7个月以上的女职工，不得安排其延长工作时间或从事夜班劳动。

3. 提供必要支持：

   • 产检时间：女职工在劳动时间内进行产前检查的，所需时间应计入劳动时间，用人单位不得扣发工资。
   • 哺乳时间：对哺乳未满1周岁婴儿的女职工，用人单位应在每天的劳动时间内为其安排1小时哺乳时间。

4. 加强沟通与理解：

   • 建立良好沟通机制：用人单位应与怀孕女职工保持良好沟通，了解其身体状况和工作需求，共同协商解决方案。
   • 提供心理支持：怀孕女职工可能面临身体和心理上的双重压力，用人单位应提供必要的心理支持和关怀。

三、违法后果

若用人单位违反相关法律法规规定，侵害女职工合法权益的，女职工可以依法投诉、举报、申诉，或向劳动人事争议调解组织申请调解、向劳动人事争议仲裁机构申请仲裁。对仲裁裁决不服的，还可以依法向人民法院提起诉讼。同时，用人单位还可能面临行政处罚和赔偿责任。

综上所述，对于入职刚转正就怀孕的女职工，用人单位应严格遵守相关法律法规规定，保障其基本权益不受侵害，并合理安排工作、提供必要支持。通过加强沟通与理解，共同营造一个和谐、公平的工作环境。