针对您提出的“员工入职不到一年入职怀孕了怎么处理”这一问题，我会从法律、公司政策以及实际操作建议三个方面为您详细解答。
一、法律层面
产假权益：根据《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工在怀孕、生育、哺乳期间享有特殊的劳动保护权益，这包括产假、生育津贴等。无论女职工入职多久，只要符合法律法规规定生育子女，都有权享受产假。因此，合同中“入职不满一年，如果怀孕到了休产假的时候，不给产假”的条款是违法的，不具有法律效力。
生育津贴：生育津贴是由医保局根据相关规定发放的，其发放条件通常与女职工是否符合计划生育政策、是否缴纳了生育保险等因素有关，而与女职工是否持有“二胎证”等证件无直接关联（具体以当地政策为准）。公司无权以未持有特定证件为由拒绝发放生育津贴。如果公司确实存在这样的要求，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
二、公司政策层面
孕妇岗位设置：公司设立孕妇岗位是出于对孕期女职工的特殊保护，这是值得肯定的。然而，公司不能以未持有特定证件（如二胎证）为由拒绝为孕期女职工安排合适的岗位或提供必要的劳动保护。
内部规章制度：公司应确保其内部规章制度符合法律法规的要求，不得侵犯女职工的合法权益。如果公司存在违法或不合理的规定，女职工有权提出异议并要求公司进行修正。
三、实际操作建议
与公司沟通：首先，建议您与公司的HR部门或相关负责人进行沟通，明确表达您的诉求和依据的法律法规。通过友好协商的方式解决问题，往往能够取得更好的效果。
收集证据：如果沟通无果，您需要收集相关证据（如劳动合同、公司规章制度、沟通记录等）以支持您的主张。这些证据将在后续的劳动仲裁或诉讼中发挥重要作用。
申请劳动仲裁或诉讼：如果公司仍然拒绝履行其法律义务，您可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁或向法院提起诉讼。在申请劳动仲裁或诉讼前，建议您咨询专业的劳动法律师以获取更具体的法律建议。
综上所述，员工入职不到一年怀孕后，公司应依法保障其产假权益和生育津贴等福利待遇。如果公司存在违法或不合理的要求，您有权通过合法途径维护自己的权益。希望这些解答能够对您有所帮助。