当员工怀孕时，作为用人单位，需要遵循一系列劳动保护措施来确保她的权益和健康。以下是一些主要的处理方式和劳动保护措施：

首先，如果女职工在怀孕期间不能适应原劳动岗位，用人单位应当根据医疗机构的证明，适当减轻她的劳动量或者安排她到其他能够适应的岗位工作。这是为了保障她的身体健康，避免因为过度劳累而对胎儿造成不良影响。

其次，如果女职工经医疗机构诊断确需保胎休息，那么保胎休息的时间将按照病假处理。这意味着，在保胎休息期间，她仍然享有病假的待遇，包括工资支付等。

对于怀孕7个月以上的女职工，用人单位需要给予更多的关怀和照顾。具体来说，每天应安排1小时的工间休息，这段时间应视同其正常劳动，并支付正常工作时间的工资。同时，不得安排她延长工作时间或者从事夜班劳动。如果女职工从事的是立位作业，用人单位还应在她的工作场所设置休息座位，以便她随时休息。

此外，女职工在劳动时间内按照规定进行产前检查的时间，也应视同其正常劳动，并支付正常工作时间的工资。这是为了鼓励女职工及时进行产前检查，确保胎儿的健康。

在工资支付方面，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低她的工资、予以辞退或者与其解除劳动或聘用合同。这是法律对女职工的明确保护，用人单位必须严格遵守。

如果女职工的合法权益受到侵害，她有权依法投诉、举报、申诉，并向劳动人事争议调解仲裁机构申请调解仲裁。如果对仲裁裁决不服，她还可以依法向人民法院提起诉讼。

概括起来，当员工怀孕时，用人单位应给予充分的关怀和照顾，遵循相关法律法规，确保她的权益和健康得到保障。这不仅是对员工的负责，也是对企业的负责，有助于营造一个和谐、稳定的工作环境。