企业申请综合工时制后，若劳动者的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，仍然需要支付加班费。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合工时制的基本概念与特点
综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许以一定周期（如周、月、季、年）综合计算工作时间，而不是像标准工时制那样严格限制每日和每周的工作时间。这种制度的特点在于，在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以灵活调整，但整个周期内的总实际工作时间不得超过总法定标准工作时间。
二、加班费支付的条件与标准
延长工作时间：
- 在综合计算周期内，如果劳动者的总实际工作时间超过了法定标准工作时间，那么超出部分应视为延长工作时间。
- 根据《劳动法》第四十四条的规定，延长工作时间的加班工资支付标准为不低于劳动者本人小时工资的150%。
休息日工作：
- 在综合工时制下，由于已经考虑了休息日的因素，因此劳动者在休息日工作通常不视为加班，除非该休息日是在延长工作时间的情况下发生的。但需注意，如果地方有特殊规定（如北京），在综合计算周期内，劳动者在法定节假日工作仍需支付加班费。
法定节假日工作：
- 无论实行何种工时制度，劳动者在法定节假日工作都应支付不低于工资300%的加班费。
三、加班费的计算方法
基础数据收集：
- 需要统计劳动者在综合计算周期内的总工作时间、正常工作时间以及延长的工作时间等。
计算标准：
- 延长工作时间的加班费按不低于工资的150%计算；
- 法定节假日的加班费按不低于工资的300%计算。
具体公式（以延长工作时间为例）：
- 假设某劳动者在一个综合计算周期内的总工资为X元，正常工作时间为Y小时，延长工作时间为Z小时，小时工资为\(X/Y\)（若按月薪计算，月计薪天数为21.75天，则小时工资为\(X/(21.75 \times 8)\)），则该劳动者应得的加班费为：\(Z \times (X/Y) \times 150\%\)（或\(Z \times [X/(21.75 \times 8)] \times 150\%\)，若按月薪计算小时工资）。
四、特殊情况下的考量
- 政府允许申请综合工时制的目的：在特殊情况下（如疫情期间），政府允许受影响的用人单位申请综合工时制，旨在帮助企业更灵活地安排生产经营，保障正常运转和劳动者就业稳定。但这并不意味着企业可以因此免除支付加班费的义务。
- 不可抗力因素：若因不可抗力（如自然灾害、疫情等）导致工作时间延长，且用人单位已采取合理措施减少加班并事后安排补休的，可能不支付加班费。但这种情况需要严格符合法律规定，并由相关部门进行认定。
五、法律依据
- 《劳动法》第四十四条：明确了用人单位在休息日安排劳动者工作又不能安排补休时，应支付加班工资的规定，以及延长工作时间和法定节假日工作的加班工资支付标准。
- 《工资支付暂行规定》第十三条：规定了用人单位在法定标准工作时间以外安排劳动者工作时，应按相应标准支付工资的具体要求，包括综合计算工时工作制下延长工作时间的工资支付标准。
总结与建议：
企业申请综合工时制后，仍需严格遵守相关法律法规，确保在劳动者总实际工作时间超过法定标准工作时间时，及时、足额地支付加班费。作为劳动者，如果发现企业未支付加班费，可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或向法院提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。在整个过程中，保留好相关证据（如考勤记录、工资单、加班通知等）是至关重要的。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。