结论：在行政诉讼中，若政府不提交原先调查笔录，而在申请确权时重新调查并提交笔录，其合法性需根据具体情况来判断，但一般而言，重新调查并提交笔录本身并不直接违法，关键在于重新调查的程序是否合法、笔录内容是否真实可靠，以及是否符合行政诉讼的证据规则。
详细分析：
重新调查的合法性基础：
- 行政机关在行政诉讼中，有义务提供其作出行政行为时所依据的证据和规范性文件。如果原先的调查笔录丢失、损坏或存在其他无法提交的情况，行政机关为了履行其举证责任，有权重新进行调查以获取相关证据。
- 重新调查应当遵循法定程序，确保调查的公正性、客观性和合法性。这包括调查人员的资质、调查方式的选择、调查对象的权利保障等方面。
重新调查笔录的提交：
- 重新调查后形成的笔录，作为新的证据，可以在行政诉讼中提交。但提交时，行政机关需要说明原先笔录无法提交的原因，以及重新调查的必要性和合法性。
- 法院在审查重新调查笔录时，会关注其真实性、关联性和合法性。如果笔录内容真实可靠，与案件事实紧密相关，且调查程序合法，那么该笔录通常会被法院采纳作为定案依据。
可能存在的法律风险：
- 如果行政机关重新调查的程序存在瑕疵，如调查人员不具有相应资质、调查方式不合法、侵犯调查对象的合法权益等，那么重新调查笔录可能会被法院排除作为证据使用。
- 此外，如果行政机关在重新调查过程中故意伪造、篡改笔录内容，或者隐瞒、毁灭其他相关证据，那么不仅重新调查笔录无效，行政机关还可能面临法律责任，如被法院判决败诉、承担赔偿责任等。
对当事人的建议：
- 如果您是行政诉讼的原告，认为政府重新调查并提交的笔录存在问题，可以在庭审过程中提出异议，并要求法院对笔录的真实性、关联性和合法性进行审查。
- 如果您有证据证明行政机关在重新调查过程中存在违法行为，如伪造、篡改笔录内容等，可以向法院提供相关证据，以支持您的诉讼请求。
- 在整个行政诉讼过程中，建议您保持与律师的密切沟通，及时了解案件进展和法院的审查意见，以便更好地维护自己的合法权益。
总结：行政诉讼中政府不提交原先调查笔录而重新调查并提交笔录的合法性，取决于重新调查的程序是否合法、笔录内容是否真实可靠以及是否符合行政诉讼的证据规则。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。