可以一起申请劳动仲裁。具体分析如下：

1. 补偿金与未缴医保均属于劳动争议范畴
   根据《劳动争议调解仲裁法》第二条，用人单位与劳动者之间因“社会保险”和“经济补偿”发生的争议，均属于劳动仲裁的受理范围。因此，单位注销后未支付的补偿金（如经济补偿金、代通知金等）和未依法缴纳的医保费用，均可作为独立请求事项在仲裁中提出。

2. 仲裁请求的合并提出符合法律规定
   劳动仲裁中，劳动者可就多项请求合并申请（如同时主张工资、加班费、补偿金等）。未缴医保虽属于社会保险争议，但与补偿金争议均基于同一劳动关系产生，仲裁机构通常会合并审理。需注意：医保争议可能涉及行政机关追缴（如社保部门责令补缴），但劳动者仍有权通过仲裁主张单位赔偿因未缴医保导致的损失（如无法报销的医疗费用）。

3. 单位注销不影响仲裁申请，但需调整被申请人
   若单位已注销，需根据注销情况调整仲裁策略：

   • 未清算即注销：可列股东、发起人或清算义务人为被申请人，主张其承担赔偿责任（《公司法司法解释二》第20条）；
     
   • 已清算但未通知债权人：可申请撤销清算程序或直接主张清算组成员赔偿责任；
     
   • 破产清算中：需向破产管理人申报债权，但补偿金和医保赔偿属于优先清偿范围（《企业破产法》第113条）。

操作建议：

1. 立即收集证据：劳动合同、工资记录、医保缴费记录、单位注销证明等；
   
2. 确定被申请人主体（如股东、清算组）；
   
3. 撰写仲裁申请书时，明确两项请求（补偿金金额、医保损失金额及计算依据）；
   
4. 注意仲裁时效：自知道或应当知道权利被侵害之日起1年内提出。

如有进一步细节（如单位注销原因、是否清算等），可随时补充说明，我会为您细化方案。