当单位发生合并时，关于如何补偿职工的问题，这主要涉及到劳动合同的延续以及经济补偿的计算。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

首先，需要明确的是，根据《劳动合同法》及其相关实施条例，当用人单位发生合并或者分立等情况时，原劳动合同是继续有效的。这意味着，劳动合同中的各项条款，包括职工的权益和待遇，都应当得到继续的履行和保障。劳动合同将由承继原用人单位权利和义务的新用人单位来继续履行。

接下来，关于经济补偿的计算，这主要取决于职工在原用人单位的工作年限以及合并后新用人单位的处理方式。具体来说：

1. 工作年限的合并计算：

   • 如果职工是非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位工作的，那么职工在原用人单位的工作年限应当合并计算为新用人单位的工作年限。
   • 这一规定确保了职工在合并过程中的工作年限不会因单位的变更而受到影响，从而保障了职工在计算经济补偿时的权益。

2. 经济补偿的计算与支付：

   • 如果新用人单位在依法解除或终止劳动合同时需要支付经济补偿，那么计算经济补偿的工作年限应当包括职工在原用人单位的工作年限（除非原用人单位已经支付过经济补偿）。
   • 经济补偿的具体计算方式通常依据职工在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资以及工作年限来确定。具体标准可能因地区和政策而异，但一般遵循“每满一年支付一个月工资”的原则。

3. 特殊情况的处理：

   • 如果原用人单位已经向职工支付了经济补偿，那么新用人单位在依法解除或终止劳动合同时，计算支付经济补偿的工作年限时，将不再计算职工在原用人单位的工作年限。
   • 这一规定避免了职工因单位合并而获得双重经济补偿的情况，确保了经济补偿的公平性和合理性。

综上所述，当单位合并时，职工的经济补偿问题主要涉及到工作年限的合并计算以及经济补偿的计算与支付。新用人单位应当遵循相关法律法规的规定，确保职工的权益得到充分的保障。如果职工对经济补偿的计算或支付有疑问或不满，可以与新用人单位进行协商或寻求法律援助。