结论：员工垫付的社保费超过时效后能否通过不当得利起诉追回，需分情况讨论，关键在于时效的认定及不当得利构成要件的满足。以下从时效和不当得利构成要件两个核心角度展开分析：
1. 关于诉讼时效的认定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。对于员工垫付社保费的情形：
- 时效起算点：若员工垫付后，公司明确拒绝返还或长期未处理，时效从员工知道或应当知道权利受损之日（如垫付后公司未在合理期限内归还）起算；
- 时效中断与延长：若员工在时效期间内通过书面催告、协商等方式主张权利，可构成时效中断，重新计算三年时效；若因特殊情况（如公司承诺分期返还但未履行）导致员工无法及时主张，可申请时效延长。
关键点：若超过三年诉讼时效，公司可能提出时效抗辩，导致员工丧失胜诉权。但若公司自愿履行或未提出抗辩，法院仍可能支持返还。
2. 不当得利的构成要件及适用性
根据《民法典》第九百八十五条，不当得利需满足以下要件：
- 一方获得利益：公司因员工垫付社保费而减少支出，获得财产利益；
- 他方受有损失：员工因垫付资金导致财产减少；
- 获利与损失间存在因果关系：公司获利直接源于员工垫付行为；
- 无法律依据：公司无合法依据（如合同约定、法律规定）占有员工垫付的资金。
适用性分析：
- 若员工垫付行为无合同或法律依据（如公司未授权员工垫付，或员工非基于职务行为垫付），且公司拒绝返还，可能构成不当得利；
- 若垫付行为基于双方约定（如公司承诺后续返还）或职务行为（如员工代公司履行法定义务），则可能不构成不当得利，而属于合同纠纷或劳动争议。
3. 实务建议
- 优先通过劳动争议解决：社保费垫付通常与劳动关系紧密相关，可依据《劳动争议调解仲裁法》申请劳动仲裁，要求公司返还垫付款项及利息。劳动仲裁时效为一年，自员工知道或应当知道权利受损之日起计算，但部分地区对社保争议可能适用特殊时效规定；
- 以不当得利为备选路径：若劳动仲裁途径受阻（如超过时效或争议性质不被认定为劳动争议），可尝试以不当得利为由向法院起诉，但需充分举证公司无法律依据占有资金；
- 及时主张权利：无论选择何种路径，均需在时效期间内主张权利，避免因超过时效丧失胜诉权；
- 保留证据：保存垫付凭证（如转账记录、发票）、公司承诺返还的书面材料、催告记录等，以证明垫付事实及公司拒不返还的恶意。
总结：员工垫付社保费超过时效后，能否通过不当得利起诉追回，需结合时效是否中断/延长、不当得利构成要件是否满足等因素综合判断。建议优先通过劳动争议途径解决，并确保在时效期间内主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。