关于“劳动关系在总公司，但是由分公司缴纳社保是否合法”的问题，这确实是一个涉及法律层面和实际操作的综合考量。以下是我为您提供的详细解答：

一、法律层面的分析

1. 分公司主体资格：

   • 根据相关法律法规，如果分公司依法取得了营业执照或登记证书，那么它就有资格作为用人单位与劳动者订立劳动合同，并在总公司授权下为员工办理社保。这是分公司具备独立法律地位的一种体现。
   • 如果分公司并非独立法人实体，而是总公司的分支机构，那么它需要在总公司的授权下进行社保缴纳等操作。在这种情况下，只要操作符合法律法规，也是合法的。

2. 社保缴纳的属地管理：

   • 社保缴纳通常遵循属地管理原则，即用人单位应向当地社会保险经办机构办理社保登记并按时缴费。因此，如果分公司位于员工实际工作地，且符合当地社保政策规定，那么由分公司缴纳社保是合理的。

二、实际操作中的考量

1. 劳动关系认定：

   • 总公司与分公司应明确各自在员工管理、社保缴纳等方面的权利和义务。为了避免劳动关系认定的争议，建议通过签订委托协议等方式加以规范，明确分公司是受总公司委托进行社保缴纳的。

2. 社保待遇差异：

   • 不同地区社保政策和待遇标准可能存在差异。企业应关注员工在不同地区的社保权益，确保员工知晓并理解相关安排。如果因地区差异导致社保待遇有所不同，企业应提前与员工沟通并取得其同意。

3. 合规操作：

   • 企业应与当地劳动和社会保障部门沟通确认具体操作流程和要求，确保操作合规合法。同时，在劳动合同和社保缴纳文件中应明确说明相关情况和责任主体，以保障企业和员工的权益。

三、风险防范建议

1. 完善内部管理制度：

   • 建立健全总分公司间的管理制度和协调机制，确保社保缴纳等操作的一致性和规范性。这有助于减少因操作不当而引发的法律风险。

2. 加强员工培训与告知：

   • 及时向员工说明社保缴纳情况，确保员工了解并同意相关安排。这可以减少因信息不对称而引发的纠纷和误解。

3. 关注政策变化：

   • 密切关注当地社保政策的变化，及时调整社保缴纳方案以适应政策要求。这有助于保障员工的社保权益并避免因政策不符而引发的风险。

总结：

在符合一定条件和规范操作的前提下，“劳动关系在总公司，但是由分公司缴纳社保”是合法的。企业应注重法律风险的防范和合规性的管理，通过完善内部管理制度、加强员工培训与告知以及关注政策变化等措施来确保企业与员工的权益得到妥善保护。