关于“扣除薪资命令书是否真实有效”的问题，不能一概而论，需要分情况讨论：
若公司未经合法程序或无正当理由扣除薪资：
- 这种情况下，公司出具的“扣除薪资命令书”很可能是无效的。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司没有明确的法律依据或劳动合同约定，就随意扣除薪资，那么这种行为是违法的，员工有权拒绝接受，并向劳动行政部门投诉。
若公司因合法原因扣除薪资：
- 法律允许在特定情况下扣除工资，如代扣代缴个人所得税、社保费用，或者因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位在扣除工资时需遵守法律规定（如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准）。在这种情况下，如果公司按照法律规定的程序和限额出具了“扣除薪资命令书”，并且该命令书的内容与法律、劳动合同或公司规章制度相符，那么这份命令书可能是有效的。
法律建议：
- 核实扣除原因：员工在收到“扣除薪资命令书”后，应首先核实公司扣除薪资的具体原因。如果认为扣除原因不合理或违法，可以与公司进行沟通协商，要求公司提供合理的解释和证据。
- 检查法律依据：员工应检查公司扣除薪资的行为是否有明确的法律依据或劳动合同约定。如果公司无法提供合理的法律依据或劳动合同约定，员工有权拒绝接受扣除薪资的决定。
- 寻求法律帮助：如果员工与公司无法就扣除薪资的问题达成一致，或者认为公司的行为侵犯了自己的合法权益，可以向劳动行政部门投诉，或者寻求专业律师的法律帮助，通过法律途径维护自己的权益。
可能法律后果：
- 如果公司违法扣除薪资，根据《中华人民共和国劳动法》第九十一条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。这意味着，公司不仅需要支付被扣除的薪资，还可能需要支付额外的经济补偿和赔偿金。
总之，面对“扣除薪资命令书”，员工应保持冷静，核实扣除原因，检查法律依据，并在必要时寻求法律帮助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。