非法占用集体地方进行经营，主要由自然资源部门（原国土资源部门）负责管理。以下从不同角度为你详细分析：

1. 管理部门的确定依据

   • 根据我国相关法律法规，自然资源部门负责土地的管理和监督工作，包括集体土地。非法占用集体地方进行经营，涉及到对集体土地的非法使用，这属于自然资源部门的管辖范围。自然资源部门有权对非法占用土地的行为进行调查、认定和处理。

2. 管理部门的职责

   • 自然资源部门在发现非法占用集体土地进行经营的行为后，会进行调查取证，确认违法事实。一旦确认，他们会根据违法情节的轻重，依法作出相应的行政处罚，如责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状，以及处以罚款等。

3. 其他可能涉及的部门

   • 虽然自然资源部门是主要的管理部门，但在某些情况下，非法占用集体地方进行经营的行为可能还涉及其他部门。例如，如果非法经营行为涉及到环境污染，那么环保部门也会介入调查和处理；如果涉及到非法建筑，城乡规划部门或城市管理部门也可能参与其中。不过，在大多数情况下，非法占用集体土地的行为主要由自然资源部门负责处理。

4. 法律后果与建议

   • 非法占用集体地方进行经营是违法行为，不仅可能面临行政处罚，还可能对集体土地造成损害，影响集体成员的利益。因此，我建议你如果发现有此类行为，应及时向自然资源部门举报，并提供相关证据。同时，如果你自己或他人有占用集体土地进行经营的打算，务必先了解相关法律法规，确保合法合规。

在处理此类问题时，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和帮助。