针对您提出的“非法占有使用国有土地由哪个部门处理”的问题，我可以明确地告诉您，这主要取决于非法占用的性质、用途及违规情形。以下是详细的分析和解答：

1. 自然资源主管部门

   • 职能依据：根据《中华人民共和国土地管理法》，国务院自然资源主管部门统一负责全国土地的管理和监督工作，县级以上地方人民政府也设有相应的自然资源主管部门。
   • 处理情况：自然资源主管部门是处理非法占用国有土地行为的主要部门。他们有权对非法占用土地的行为进行调查、取证，并采取相应的法律措施，如责令停止违法行为、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状，以及对符合土地利用总体规划的非法建筑进行没收和罚款等。
   • 应用场景：适用于所有类型的非法占用国有土地行为，特别是擅自改变土地用途、未批先用、少批多用等情况。

2. 农业农村主管部门

   • 职能依据：农业农村主管部门负责农村宅基地改革和管理有关工作，虽然主要针对农村土地，但在某些涉及农村集体土地与国有土地交界或转换的特定情境下，也可能涉及对非法占用行为的监管。不过，在直接针对国有土地非法占用的处理上，其角色相对次要，除非该非法占用行为直接关联到农村宅基地的非法占用且该宅基地在特定条件下被视为或关联到国有土地管理范畴（这种情况较为特殊且少见）。
   • 主要处理：在更常见的农村土地非法占用场景中，农业农村主管部门主要处理农村村民非法占用土地建住宅的问题，对于未经批准或采取欺骗手段骗取批准建住宅的行为，农业农村主管部门可以依法查处。但若问题明确指向国有土地，则此部门非首要处理机构，除非有特殊关联情形。

3. 城市管理综合执法部门（如适用）

   • 职能依据：依据各地的地方性法规和政府规章，城市管理综合执法部门被赋予土地管理领域的部分执法权，特别是在城市规划区内。
   • 处理情况：如果非法占用国有土地的行为发生在城市规划区内，且违反了城乡规划，那么城市管理综合执法部门也有权进行制止并依法处理。例如，在城市道路两侧违法搭建建筑物、构筑物等。

4. 公安机关（如涉及犯罪）

   • 职能依据：公安机关对非法占地行为中涉及的犯罪行为进行侦查和处理。
   • 处理情况：如果非法占用国有土地的行为造成了严重后果，达到了刑事犯罪的标准，如非法占用农用地罪、非法转让倒卖土地等刑事案件，那么公安机关将介入进行立案侦查并采取相应措施。

综合建议：

• 在发现非法占有使用国有土地的行为时，首先应根据占用的具体性质、用途及违规情形来判断应向哪个部门举报。
• 一般情况下，自然资源主管部门是处理此类问题的主要部门，建议优先向他们举报。
• 如果占用行为发生在城市规划区内且违反了城乡规划，那么也可以向城市管理综合执法部门举报。
• 如果占用行为造成了严重后果，达到了刑事犯罪的标准，那么应立即向公安机关报案。

举报方式：

• 可以向当地自然资源主管部门、城市管理综合执法部门或公安机关进行举报。
• 举报时应尽量提供详实的证据和信息，包括非法占用土地的具体位置、面积、用途以及涉事人员等，以便相关部门能够更有效地进行处理。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。