非法占用国有土地的行为，主要由自然资源主管部门负责管理。以下是对此问题的详细解答：
管理主体及职责：
- 自然资源主管部门：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，县级以上人民政府自然资源主管部门负责监督检查违反土地管理法律、法规的行为。该部门有权对非法占用土地的行为进行调查、处理，并实施相应的惩罚，如责令退还非法占用的土地、限期拆除或没收在非法土地上新建的建筑物和其他设施，以及处以罚款等。
其他相关部门的职责：
- 虽然自然资源主管部门在土地管理中起主导作用，但农业农村主管部门、城市管理综合执法部门等也在其职责范围内对特定类型的占地行为进行监管。例如，农业农村主管部门负责农村宅基地改革和管理有关工作，对农村村民非法占地建住宅的情况进行查处；城市管理综合执法部门则对城市规划区内违反城乡规划占用土地的行为进行制止和依法处理。
法律后果：
- 非法占用国有土地的行为，如果构成犯罪，将依法追究刑事责任。同时，对于非法占用土地的单位和个人，还会面临行政处罚，包括罚款、责令退还非法占用的土地、限期拆除或没收在非法土地上新建的建筑物和其他设施等。
举报途径与建议：
- 公众发现非法占用国有土地的行为时，应及时向当地自然资源主管部门举报。举报时，应尽可能提供详细的非法占用土地信息，包括占用地点、时间、占用者身份等，以便相关部门能够迅速有效地进行处理。
综上所述，非法占用国有土地的行为由自然资源主管部门主要负责管理。在实际操作中，若遇到此类问题，建议及时向当地自然资源主管部门反映情况，并积极配合相关部门的调查和处理工作。