非法转让土地使用权主要由自然资源主管部门管辖。具体来说：
自然资源主管部门的职责：
- 自然资源主管部门负责监管非法转让土地行为，有权对此类行为进行调查、认定，并依法查处违反土地管理法律法规的行为。
- 该部门有权制止非法占用、买卖等破坏土地管理秩序的活动，并可作出诸如责令退还土地、没收违法所得、罚款等处罚决定。
公安机关的介入：
- 若非法转让土地使用权行为涉嫌犯罪，达到刑事立案标准（如非法转让、倒卖基本农田五亩以上等情形），公安机关将依法立案侦查，追究相关人员的刑事责任。
人民检察院的监督作用：
- 人民检察院在整个过程中发挥法律监督作用，对公安机关的立案侦查活动、自然资源主管部门的行政执法活动进行监督，确保法律的正确实施。
- 如果认为存在违法不究、执法不公等情况，检察院可以依法提出监督意见。同时，在刑事案件中，检察院代表国家提起公诉，追究犯罪嫌疑人的法律责任。
综上所述，非法转让土地使用权主要由自然资源主管部门管辖，但公安机关和人民检察院在特定情况下也会参与其中。如果你面临此类问题或有其他法律疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。