个人侵占国有土地的管理及处理部门主要依据土地类型和侵占情况而定，一般由自然资源主管部门负责，特定情况下可能涉及省、自治区、直辖市人民政府或国务院的批准与管理。以下是对此问题的详细分析：
一、管理部门的确定
自然资源主管部门：
- 根据《土地管理法》的相关规定，国务院自然资源主管部门统一负责全国土地的管理和监督工作。县级以上地方人民政府自然资源主管部门的设置及其职责，由省、自治区、直辖市人民政府根据国务院有关规定确定。
- 对于非法侵占国有土地的行为，自然资源主管部门有权依法进行调查、处理，并实施相应的惩罚措施。
省、自治区、直辖市人民政府或国务院：
- 在特定情况下，如征收永久基本农田、永久基本农田以外的耕地超过三十五公顷、或其他土地超过七十公顷时，需要上报国务院批准。
- 征收前款规定以外的土地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准。
二、侵占国有土地的处理
举报与调查：
- 若发现个人侵占国有土地的情况，可向自然资源主管部门举报。自然资源主管部门会依法对举报线索进行调查核实。
处理措施：
- 根据《土地管理法》第七十七条的规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。
- 对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
- 对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。
- 对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
三、特殊情况的处理
- 涉及耕地被违法侵占：
- 若侵占行为造成种植条件毁坏等情况，农业农村部门也会参与管理，对违法行为进行查处。
四、法律建议
及时举报：
- 若发现个人侵占国有土地的行为，应及时向自然资源主管部门举报，以维护国家土地资源的合法权益和土地管理秩序。
依法维权：
- 若自身土地权益受到侵害，应依法通过协商、调解、行政复议或诉讼等途径维护自身权益。
遵守法律法规：
- 无论是个人还是单位，都应严格遵守土地管理法律法规，不得非法侵占或使用土地。
如有任何关于土地侵占或土地管理的法律问题，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。