侵占农用土地的管理问题，主要归属于自然资源主管部门（原国土资源部门）进行监管，同时涉及农业农村部门、林业部门以及公安机关等多个部门在不同环节的协同管理。以下从不同角度进行详细分析：

1. 自然资源主管部门的管理职责：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，自然资源主管部门是土地资源的主要管理部门，负责土地的规划、管理、保护和监督等工作。对于侵占农用土地的行为，自然资源主管部门有权进行调查、认定，并依法作出行政处罚，如责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状，以及处以罚款等。

2. 农业农村部门的管理职责：

   • 农业农村部门在农用土地管理中也扮演着重要角色，特别是涉及耕地保护、农村土地承包经营权管理等方面。虽然农业农村部门不直接对侵占农用土地的行为进行处罚，但其在耕地保护、土地流转监管等方面的工作，有助于预防和减少侵占农用土地行为的发生。例如，农业农村部门可以加强对农村土地承包经营权流转的监管，防止非法流转导致的土地侵占。

3. 林业部门的管理职责：

   • 如果侵占的农用土地涉及林地，那么林业部门也将参与管理。根据《中华人民共和国森林法》及相关规定，林业部门负责林地的保护、管理和监督等工作。对于非法占用林地的行为，林业部门有权进行调查、认定，并依法作出行政处罚。

4. 公安机关的介入：

   • 在侵占农用土地行为构成犯罪的情况下，如非法占用农用地罪，公安机关将依法介入调查，并追究犯罪嫌疑人的刑事责任。这体现了法律对侵占农用土地行为的严厉打击态度。

法律建议：

• 对于发现侵占农用土地的行为，建议首先向当地的自然资源主管部门举报，由其进行调查和处理。
• 如果侵占行为涉及林地或构成犯罪，可以同时向林业部门或公安机关报案。
• 在处理侵占农用土地问题时，应保留好相关证据，如土地权属证明、现场照片、视频等，以便在后续的法律程序中维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 侵占农用土地的行为可能面临行政处罚，包括责令退还土地、拆除建筑物、恢复土地原状以及罚款等。
• 如果行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役以及罚金等。

如有任何关于农村土地或宅基地的法律问题，可以直接向我咨询。