非法占用农用地以前主要由国土资源管理部门（现自然资源主管部门）负责监管。以下从不同角度为你详细分析：

监管主体历史沿革

在过去，国土资源管理部门承担着对土地资源，包括农用地的管理职责。非法占用农用地这类行为，涉及到对土地资源的非法侵占和破坏，国土资源管理部门有责任和权力对此进行监管和查处。随着机构改革的推进，国土资源管理部门的相关职能整合到了自然资源主管部门，所以现在是由自然资源主管部门来履行这一监管职责。

具体监管职责

自然资源主管部门对非法占用农用地的监管，主要体现在以下几个方面：

1. 日常巡查：自然资源主管部门会定期或不定期地对辖区内的土地使用情况进行巡查，及时发现非法占用农用地的行为。例如，工作人员可能会到农村地区实地查看，检查是否存在未经批准擅自改变农用地用途、在农用地上违法建设等情况。
2. 受理举报：鼓励公众对非法占用农用地的行为进行举报。如果有人发现身边存在非法占用农用地的现象，可以向自然资源主管部门反映，主管部门会对举报内容进行核实和处理。
3. 行政处罚：一旦发现非法占用农用地的行为，自然资源主管部门有权依据相关法律法规进行行政处罚。处罚措施可能包括责令停止违法行为、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状，以及罚款等。比如，对于非法占用基本农田五亩以上或者非法占用基本农田以外的耕地十亩以上的行为，会处以较为严厉的罚款。

其他相关部门协作

除了自然资源主管部门，非法占用农用地的问题还可能涉及到其他部门的协作：

1. 农业农村部门：农业农村部门在农村土地管理方面也有一定的职责，特别是在涉及农业生产和农村土地承包经营等方面。如果非法占用农用地行为影响了农业生产秩序或农村土地承包关系，农业农村部门会配合自然资源主管部门进行处理。
2. 公安机关：对于一些情节严重、涉嫌犯罪的非法占用农用地行为，自然资源主管部门会将案件移送公安机关立案侦查。例如，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，就可能构成非法占用农用地罪，需要公安机关介入调查。

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