当农民的耕地被占用时，这确实是一个需要严肃对待的问题，因为耕地是农民的重要生产资料，也是国家粮食安全的基础。针对这个问题，可以从以下几个方面来详细解答：

一、主要监管部门及职责

1. 自然资源部门（原国土资源部门）：

   • 这是处理非法占用耕地问题的主要部门。根据《土地管理法》等相关法律法规，自然资源部门有权对未经批准或采取欺骗手段占用耕地的行为进行调查处理。
   • 执法措施包括责令退还土地、限期拆除建筑物并恢复耕种，以及处以罚款。如果构成犯罪，还会移送司法机关追究刑事责任。

2. 农业农村部门：

   • 在涉及破坏永久基本农田耕作层等农业相关问题时，农业农村部门会与自然资源部门联合执法，共同维护农民的耕地权益。

3. 其他相关部门：

   • 如林业部门，如果占用的是林地，且未经林业部门审批，那么林业部门也会介入查处。
   • 乡镇政府也承担着协助发现、制止违法行为，并及时上报县级主管部门的职责。

二、维权途径与建议

1. 向自然资源部门举报：

   • 农民可以通过拨打12336热线或直接到当地国土所反映问题，这是最直接且有效的维权方式。

2. 申请行政复议或诉讼：

   • 如果对政府部门的处理结果不满意，或者认为政府部门存在不作为的情况，农民可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。

3. 保留证据：

   • 在维权过程中，农民需要保留好相关证据，如土地承包经营权证、土地使用权证、现场照片、书面材料等，这些证据将为后续维权提供有力支持。

三、具体处理流程

1. 向村委会反映：

   • 首先，农民可以向村委会反映耕地被占用的情况，请求村委会介入调解。村委会作为基层群众性自治组织，对本村土地情况有深入了解，可以协调双方解决纠纷。

2. 向乡镇政府（街道办）申请处理：

   • 如果村委会调解不成，农民可以向乡镇政府（街道办）提出申请，由其依法调查处理。乡镇政府有权对本行政区域内的农村土地承包经营纠纷进行调解和处理。

3. 向县级以上人民政府自然资源主管部门举报：

   • 对于严重的耕地占用行为，农民可以直接向县级以上人民政府自然资源主管部门举报。这些部门将依法查处违法侵占土地的行为，并作出相应的行政处罚。

4. 考虑农村土地承包仲裁机构或人民法院：

   • 如果涉及农村土地承包经营权的侵占纠纷，农民还可以考虑向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或者向人民法院提起民事诉讼。

四、注意事项

• 在维权过程中，农民需要保持冷静和理性，避免采取过激行为。
• 同时，咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持也是明智之举。

综上所述，当农民的耕地被占用时，他们可以通过多个途径寻求帮助和解决。根据具体情况选择合适的途径，并准备好充分的证据，是有效维护自身权益的关键。希望这些解答能对您有所帮助。