非法侵占国有土地，应由自然资源主管部门、农业农村主管部门或乡（镇）人民政府根据具体情况进行处理。以下是详细分析：

一、主要责任部门及职责

1. 自然资源主管部门

   • 职能依据：根据《中华人民共和国土地管理法》，自然资源主管部门负责全国土地的管理和监督工作。
   • 具体职责：对于非法侵占国有土地的行为，自然资源主管部门有权进行调查、取证，并采取相应的法律措施，如责令停止违法行为、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状，以及对符合土地利用总体规划的非法建筑进行没收和罚款等。

2. 农业农村主管部门

   • 职能依据：农业农村主管部门负责农村宅基地改革和管理有关工作。
   • 具体职责：在农村村民非法占用土地建住宅的问题上，农业农村主管部门具有管理和监督职责。对于未经批准或采取欺骗手段骗取批准建住宅的行为，农业农村主管部门可以依法查处。

3. 乡（镇）人民政府

   • 职能依据：根据《中华人民共和国土地管理法》，对于农村村民非法占用土地建住宅且涉及违反乡村建设规划的情况，由乡（镇）人民政府处理。
   • 具体职责：乡（镇）人民政府在乡村建设规划管理方面有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除违法建筑。

二、处理流程

1. 举报与调查

   • 发现非法侵占国有土地行为后，应向当地自然资源主管部门、农业农村主管部门或乡（镇）人民政府进行举报。
   • 举报时应尽量提供详实的证据和信息，包括非法占用土地的具体位置、面积、用途以及涉事人员等，以便相关部门能够更有效地进行处理。

2. 作出处理决定

   • 接到举报后，相关部门将依法进行调查、取证，并根据调查结果采取相应的法律措施。
   • 对于尚未构成犯罪的侵占行为，土地行政主管部门将依法作出行政处罚决定，如责令退还土地、限期拆除与没收、罚款等。
   • 若涉及犯罪，案件将被移送司法机关处理，可能面临刑事责任的追究，如非法占用农用地罪等。

3. 执行与监督

   • 行政处罚决定作出后，违法者需履行义务。若不履行，土地行政主管部门可依法申请人民法院强制执行。
   • 相关部门将对处理结果进行监督检查，确保违法行为得到有效纠正。

三、法律后果

非法侵占国有土地使用权，根据情节轻重，将分别承担民事责任、行政责任（包括行政处罚和行政处分），甚至刑事责任。具体法律后果包括：

• 民事责任：返还土地与恢复原状、损失赔偿等。
• 行政责任：责令退还土地、罚款、没收违法所得与建筑物、限期拆除与强制拆除等。
• 刑事责任：非法占用农用地罪、非法转让、倒卖土地使用权罪等，可能面临有期徒刑、拘役和罚金等处罚。

总结与建议：非法侵占国有土地是严重的违法行为，不仅损害国家利益，也破坏了土地资源的合理利用。因此，建议所有单位和个人严格遵守土地管理法规，避免任何形式的非法侵占行为。若遇到非法侵占国有土地的情况，应及时向相关部门举报，并配合其处理。同时，若您有任何关于房产纠纷或合同纠纷的法律问题，也可以直接向我咨询。