非法占有集体土地的问题，主要由自然资源主管部门负责管理，同时农业农村主管部门和乡（镇）人民政府也承担相应职责，具体依据非法占用的性质和情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、自然资源主管部门的职责
法律依据：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。
具体职责：
- 自然资源主管部门是土地管理的核心部门，负责全面监督土地使用情况，对非法占用土地的行为进行调查、取证，并采取相应的法律措施。
- 这包括责令停止违法行为、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状，以及对符合土地利用总体规划的非法建筑进行没收和罚款等。
应用场景：
- 适用于所有类型的非法占用土地行为，特别是擅自改变土地用途、未批先用、少批多用等情况。
二、农业农村主管部门的职责
法律依据：
- 根据相关法律法规，农业农村主管部门负责农村宅基地改革和管理有关工作。
- 《中华人民共和国土地管理法》第六十二条也明确了农村村民建住宅的相关规定，并指出国务院农业农村主管部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作。
具体职责：
- 在农村村民非法占用土地建住宅的问题上，农业农村主管部门具有管理和监督职责。
- 对于未经批准或采取欺骗手段骗取批准建住宅的行为，农业农村主管部门可以依法查处，责令违法者退还土地，并限期拆除新建房屋。
应用场景：
三、乡（镇）人民政府的职责
法律依据：
- 《中华人民共和国土地管理法》规定，对于农村村民非法占用土地建住宅且涉及违反乡村建设规划的情况，由乡（镇）人民政府处理。
具体职责：
- 乡（镇）人民政府在乡村建设规划管理方面有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除违法建筑。
- 部分省份已将部分县级部门的行政处罚权下放至乡镇和街道，使其在法律框架内具备相应的执法权限。
应用场景：
- 适用于农村村民在乡村规划区内未经许可占用土地建设房屋，且该建设行为违反了乡村建设规划的情况。
四、举报与处理流程
- 举报方式：发现土地非法占用行为后，应向当地自然资源主管部门、农业农村主管部门或乡（镇）人民政府进行举报。
- 举报内容：举报时应尽量提供详实的证据和信息，包括非法占用土地的具体位置、面积、用途以及涉事人员等，以便相关部门能够更有效地进行处理。
- 处理流程：接到举报后，相关部门将依法进行调查、取证，并根据调查结果采取相应的法律措施。举报人也可以咨询当地政府部门或法律服务机构（如向我咨询）以获取更详细的指导和帮助。
五、法律后果
- 非法占用土地的行为将受到法律的严厉制裁，包括责令退还土地、限期拆除违法建筑、恢复土地原状以及罚款等。
- 对于构成犯罪的非法占用土地行为，还将依法追究刑事责任。
总结与建议：面对非法占有集体土地的问题，您应根据具体情况向相应的部门举报并配合其处理。同时，我也建议您积极参与监督，共同维护土地资源的合法合规使用。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。