非法占用土地的立案部门主要是县级以上人民政府自然资源主管部门，但根据具体情况还可能涉及农业农村主管部门和综合执法部门。以下是详细分析：
县级以上人民政府自然资源主管部门：
- 主要职责：这是非法占用土地行为的主要管理主体，负责监督和查处违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地等非法占地行为。
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条及相关实施条例，自然资源主管部门有权对非法占地行为进行处罚，包括责令退还土地、恢复原状、罚款等。例如，《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五十六条规定，依照《土地管理法》第七十六条的规定处以罚款的，罚款额为土地复垦费的2倍以上5倍以下。
农业农村主管部门：
- 主要职责：若非法占地行为涉及破坏耕地等侵害耕地保护的情况，农业农村主管部门会参与监督管理和执法工作。
- 法律依据：依据《中华人民共和国土地管理法》第三十七条及《基本农田保护条例》，农业农村主管部门在耕地保护方面负有重要职责，对于非法占用耕地的行为，会与自然资源主管部门协同工作。
综合执法部门（如城市管理综合执法部门）：
- 主要职责：在特定区域或针对特定类型的非法占地行为，根据地方规定和改革举措，综合执法部门可能集中行使相关行政处罚权，进行查处。
- 法律依据：地方性《城市管理综合执法条例》等法规可能赋予综合执法部门在非法占地行为查处方面的权力。
处理措施与举报途径：
- 对于非法占地行为，相关部门将采取责令退还土地、恢复原状、罚款、没收建筑物等处理措施。若行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
- 公众若发现非法占地行为，可以向县级以上人民政府自然资源主管部门进行举报，以便及时制止和处理违法行为。
综合分析：
非法占地行为不仅违反了国家土地管理法规，还破坏了土地资源的有序利用和保护。因此，各级政府和相关部门应加强协作，共同打击非法占地行为。同时，公众也应积极参与监督，通过合法途径举报非法占地行为，共同维护土地资源的合法权益和社会秩序。
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