当土地被占时，您可以根据具体情况选择以下部门进行处理：
自然资源主管部门（原国土资源部门）
- 适用情形：主要处理因土地权属不清、地界不明等原因引发的土地所有权和使用权争议，以及违法占地建设等土地违法行为。比如，有人未经批准在您的土地上搭建建筑物或构筑物。
- 处理方式：您可以准备好相关证据材料，如土地权属证明文件、土地使用现状图、涉及争议的相关协议或合同、违法建设的现场照片等，向当地自然资源主管部门提出投诉或举报。该部门会依法进行调查、调解和处理，包括责令停止违法行为、限期改正、没收违法所得、罚款等。
农业农村部门
- 适用情形：特别适用于涉及农村土地承包经营权纠纷的情况，如发包方非法收回、调整承包地，或其他组织或个人侵占承包方的承包地。例如，您的承包地被他人侵占用于非农业用途。
- 处理方式：您可以向农业农村部门申请调解，或直接向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。若选择诉讼途径，则需向人民法院提起诉讼。农业农村部门会根据相关法律法规和政策规定，对投诉事项进行调查处理，维护您的合法权益。
基层人民政府（乡镇政府或街道办事处）
- 适用情形：对于一些在本行政区域内发生的较为复杂或涉及多个部门职责的土地侵占问题，或需要政府进行综合协调处理的情况。比如，土地侵占问题涉及多个部门或多个利益主体，难以通过单一部门解决。
- 处理方式：您可以向当地政府或街道办事处的相关领导或负责部门反映问题，并说明土地被侵占的具体情况和自身诉求。相关部门会根据实际情况进行调查、协调和处理，必要时会组织相关部门进行联合执法。
在处理土地被占问题时，您还可以采取以下维权途径：
- 协商：首先尝试与侵占者进行友好协商，就土地占用的相关事宜进行沟通交流，力求达成一致的解决方案。这是最直接、最快捷的解决方式。
- 调解：若协商无果，可请求村民委员会、居民委员会或乡镇人民政府等基层组织进行调解。同时，也可以请求土地管理部门或农业农村部门进行专业调解。调解过程中，您可以充分表达自己的诉求和理由，争取达成双方都能接受的调解协议。
- 仲裁或诉讼：若调解仍无法解决问题，您有权根据具体情况选择向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。通过法律途径来维护自己的土地权益是最终且有效的手段。在仲裁或诉讼过程中，您需要提供充分的证据来支持自己的主张，并遵守相关的法律程序和规定。
在处理过程中，您还需要注意以下事项：
- 保留证据：在投诉或维权过程中，您应携带并提交所有相关证据材料，如土地权属证明、现场照片、视频、证人证言等，以便相关部门更好地了解情况并作出处理。
- 及时举报：如果您发现有人非法占用土地进行建设或侵占您的土地权益，应及时向相关部门举报或投诉。拖延时间可能会导致证据灭失或情况恶化，增加维权的难度和成本。
- 依法行事：在整个处理过程中，您应保持冷静、理性，并依法行事。避免采取过激行为或违法手段来维护自己的权益，否则可能会承担相应的法律责任。
最后，如果您在处理土地被占问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况和法律法规的规定，为您提供专业、全面的法律建议和帮助。