侵占土地的立案部门主要取决于侵占行为的性质和具体情况，以下是不同情况下的立案部门及相关法律依据：

1. 土地所有权和使用权争议

   • 立案部门：乡级人民政府或县级以上人民政府
   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
   • 处理方式：当事人可以向乡级人民政府或县级以上人民政府申请处理，人民政府会进行调解，若调解不成，则会作出裁决。对裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

2. 非法占用土地进行建设

   • 立案部门：自然资源主管部门（原国土资源局）
   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，并可能面临罚款、限期拆除建筑物和其他设施等处罚。
   • 处理方式：发现有人非法占用土地进行建设时，可以拨打全国统一的“12336”国土资源违法举报电话，或者前往当地自然资源主管部门的官方网站、微信公众号等平台进行举报。自然资源主管部门会对举报内容进行调查核实，并根据调查结果采取相应的处理措施。

3. 涉及农村土地承包经营权纠纷

   • 立案部门：农业农村主管部门（如农业农村局）
   • 法律依据：根据《中华人民共和国农村土地承包法》第五十五条，因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
   • 处理方式：涉及农村土地承包经营权纠纷时，可以向当地农业农村主管部门投诉。农业农村主管部门会根据相关法律法规和政策规定，对投诉事项进行调查处理，维护当事人的合法权益。

4. 土地侵占行为涉嫌犯罪

   • 立案部门：公安机关
   • 法律依据：如果土地侵占行为涉嫌犯罪，如非法占用农用地罪等，根据相关法律法规，应及时向当地公安机关报案。
   • 处理方式：公安机关会依法立案侦查，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

在处理侵占土地问题时，还需要注意以下几点：

• 确认土地权属：首先，需要明确土地的权属关系，查看是否有合法的土地使用权证书或其他相关证明文件。这是后续维权的基础。
• 收集证据：包括现场照片、视频、证人证言等，以证明土地被侵占的事实。这些证据在后续处理过程中将起到关键作用。
• 尝试协商解决：在案件处理过程中，可以尝试与土地所有者或管理者进行沟通协商，通过友好方式解决问题，如达成和解协议。

若您遇到侵占土地的问题，可以根据上述情况选择合适的部门进行立案处理。 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。