非法占用农村集体用地，一般由县级以上人民政府自然资源主管部门或农业农村主管部门责令退回土地，具体取决于占用土地的用途和性质。以下是详细分析：

一、法律依据与执行主体

1. 《中华人民共和国土地管理法》第七十七条：

   • 未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。
   • 若涉及将农用地改为建设用地，且不符合土地利用总体规划，主管部门将限期拆除新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；若符合规划，则可能没收这些建筑物和设施，并可并处罚款。

2. 《中华人民共和国土地管理法》第七十八条（针对农村村民建住宅）：

   • 农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
   • 这一条款特别针对农村村民建住宅的情况，明确了农业农村主管部门的执法权。

二、不同情况下的处理方式

1. 非法占用土地建住宅（农村村民）：

   • 由县级以上人民政府农业农村主管部门负责处理，责令退还土地并限期拆除新建房屋。

2. 非法占用土地进行其他建设（非住宅）：

   • 由县级以上人民政府自然资源主管部门负责处理，责令退还土地，并根据土地利用总体规划决定是否拆除或没收新建的建筑物和设施。

3. 非法占用农用地（如耕地、林地）：

   • 除了上述行政处罚外，若情节严重，构成犯罪，还将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，非法占用耕地、林地等农用地，改变用途且数量较大，造成大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

三、处理流程与后果

1. 责令退还土地：

   • 相关部门在发现非法占用土地行为后，将首先责令侵占方退还非法占用的土地。

2. 限期拆除或没收建筑物：

   • 对于在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，相关部门将根据土地利用总体规划决定是否限期拆除或没收。

3. 罚款与行政处分：

   • 非法占用土地的行为人还可能面临罚款等行政处罚。对于非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，将依法给予行政处分。

4. 刑事责任：

   • 若非法占用土地行为构成犯罪，如涉及诈骗、滥用职权等，违法者还将面临刑事责任的追究。

四、法律建议

1. 遵守法律法规：

   • 任何单位或个人在使用土地时，都应严格遵守《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，确保土地的合法使用和管理。

2. 合法申请与审批：

   • 若需使用农村集体用地进行建设或其他活动，应依法向相关部门申请并办理审批手续，避免违法行为带来的法律风险和经济损失。

3. 及时咨询与维权：

   • 若发现非法占用农村集体用地的行为，应及时向相关部门举报或咨询法律专业人士（如我），了解维权途径和法律责任。

总结来说，非法占用农村集体用地的处理涉及多个部门和法律法规，具体执行主体取决于占用土地的用途和性质。为确保土地的合法使用和管理，建议任何单位或个人都应严格遵守相关法律法规，并在需要时及时咨询法律专业人士。