违法占用农村集体土地，一般由县级以上人民政府自然资源主管部门、县级农业农村主管部门以及乡（镇）政府或街道办事处进行查处。以下是各部门的具体职责和查处流程：

1. 县级以上人民政府自然资源主管部门

   • 主要职责：作为土地管理的核心部门，负责全面监督土地使用情况，对未经批准或骗取批准非法占用土地的行为进行严厉查处。
   • 法律依据：根据《土地管理法》的相关规定，该部门具有责令退还土地、限期拆除违法建筑、没收地上建筑物以及处以罚款等行政处罚权力。
   • 查处流程：
     • 自然资源主管部门会组织专业巡查队伍定期开展土地巡查，及时发现并制止违法占地行为。
     • 一旦发现违法占地行为，该部门将依法进行调查，并根据调查结果作出相应的行政处罚决定。
     • 违法者需按照处罚决定的要求，退还非法占用的土地，拆除违法建筑，并可能面临罚款等处罚。

2. 县级农业农村主管部门

   • 主要职责：专注于农村宅基地的管理，特别是查处农村村民非法占用土地建住宅的行为。
   • 法律依据：随着机构改革的深入，宅基地管理职能已明确转移至农业农村部门。该部门有权依据相关法律法规责令违法者退还土地，并限期拆除新建房屋。
   • 查处流程：
     • 农业农村主管部门会对农村宅基地使用情况进行全面调查和登记，建立详细的宅基地管理档案。
     • 一旦发现非法占用宅基地建住宅的行为，该部门将依法进行调查，并根据调查结果作出相应的处理决定。
     • 违法者需按照处理决定的要求，退还非法占用的宅基地，并拆除新建房屋。

3. 乡（镇）政府或街道办事处

   • 主要职责：作为基层管理单位，积极参与土地违法案件的查处与处理，是土地管理不可或缺的一部分。
   • 法律依据：虽然主要执法权集中在县级以上部门，但部分省份已将部分县级部门的行政处罚权下放至乡镇和街道，使其在法律框架内具备相应的执法权限。
   • 查处流程：
     • 乡（镇）政府或街道办事处会加强执法力量建设，提高执法人员的专业素质和能力。
     • 一旦发现土地违法案件，该部门将依法进行调查，并根据调查结果采取相应的处理措施，如责令停止违法行为、恢复土地原状等。

在查处过程中，各部门会协同合作，共同维护土地的合法使用秩序。例如，自然资源主管部门在巡查中发现违法占地行为后，可能会通知农业农村主管部门或乡（镇）政府协助处理；而乡（镇）政府在发现土地违法案件后，也会及时向上级部门报告并请求指导。

对于违法占地行为，违法者将面临严厉的法律后果。根据违法行为的性质和严重程度，违法者可能会被责令退还土地、限期拆除违法建筑、没收地上建筑物以及处以罚款等处罚。如果违法占地行为造成严重后果，达到刑事犯罪标准，如非法占用农用地罪、非法转让倒卖土地等刑事案件，违法者还可能面临刑事责任的追究。

如果您发现有人违法占用农村集体土地，建议您及时向相关部门举报。在举报时，请提供充分的证据，如照片、视频等，以便相关部门进行调查处理。同时，也请您保持冷静和理性，通过合法途径进行维权，避免采取过激行为导致不必要的损失。如果您在维权过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。