违法违规发包集体土地的行为，主要由农业农村主管部门和自然资源主管部门负责查处。以下是对此问题的详细分析：
农业农村主管部门的职责：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，农业农村主管部门在农村土地管理方面承担着重要职责。对于违法违规发包集体土地的行为，农业农村主管部门有权进行调查、核实，并根据情况采取相应的行政措施，如责令改正、罚款等。
自然资源主管部门的职责：
- 自然资源主管部门（原国土资源主管部门）在土地管理方面同样具有重要职权。对于涉及土地违法违规的行为，包括违法违规发包集体土地，自然资源主管部门也有权进行查处。这包括但不限于对违法行为的调查、取证、处罚等。
查处流程与依据：
- 当发现违法违规发包集体土地的行为时，相关部门会首先进行调查，收集证据，确认违法事实。
- 接着，根据违法行为的性质、情节和后果，相关部门会依据相关法律法规，如《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国农村土地承包法》等，对违法行为人进行处罚。
- 处罚措施可能包括责令改正、没收违法所得、罚款、恢复土地原状等。
实际案例与操作：
- 在实际操作中，农业农村主管部门和自然资源主管部门可能会根据具体情况，联合或分别进行查处。例如，对于涉及土地用途改变、非法转让等严重违法行为，两个部门可能会共同介入，形成合力进行查处。
- 同时，相关部门在查处过程中，也会注重保护农民的合法权益，确保查处行为不会损害农民的利益。
法律建议与后续行动：
- 如果您发现身边有违法违规发包集体土地的行为，建议及时向当地的农业农村主管部门或自然资源主管部门举报。
- 在举报时，请尽可能提供详细的违法事实和证据，以便相关部门能够迅速、准确地进行查处。
- 如果您是集体土地的所有者或使用者，且您的权益受到了违法违规发包行为的侵害，您也可以依法向相关部门投诉或寻求法律援助。
总结来说，违法违规发包集体土地的行为主要由农业农村主管部门和自然资源主管部门负责查处。这两个部门在土地管理方面具有重要职权，能够依据相关法律法规对违法行为进行调查、取证和处罚。如果您发现此类违法行为，建议及时向相关部门举报，以维护土地管理的秩序和农民的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。