针对集体土地违规的没收部门，主要取决于违规的具体情形和土地性质，但通常由县级以上人民政府自然资源主管部门负责执行。以下从不同角度进行详细分析：
一般违规情形下的没收部门
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门（原国土资源主管部门）负责查处。对于符合土地利用总体规划的违规用地，该部门有权没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可以并处罚款。
涉及农用地违规的没收部门
- 如果违规行为涉及非法占用耕地、林地等农用地，并改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，那么除了县级以上人民政府自然资源主管部门外，还可能涉及公安机关的介入。但在此类情形下，没收建筑物和设施的权力通常仍归属于自然资源主管部门，而公安机关则可能负责追究相关责任人的刑事责任，如构成非法占用农用地罪等。
特殊违规情形下的没收部门
- 在某些特殊情况下，如违规用地行为同时违反了其他法律法规（如环境保护法、城乡规划法等），那么除了自然资源主管部门外，还可能涉及环保部门、城乡规划部门等其他行政机关的联合查处。然而，在这些情形下，没收建筑物和设施的权力通常仍由自然资源主管部门行使，其他部门则根据各自的职责范围进行相应的处罚或监管。
法律建议：
- 对于集体土地违规问题，建议相关当事人首先了解具体的违规情形和土地性质，以便确定应向哪个部门寻求帮助或接受处罚。
- 如果对处罚决定有异议或认为自己的权益受到侵害，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果违规行为被查处并认定为非法占用土地，那么当事人可能面临没收建筑物和设施、罚款等行政处罚。
- 如果违规行为构成犯罪（如非法占用农用地罪等），那么当事人还可能面临刑事责任的追究。
综上所述，集体土地违规的没收部门通常由县级以上人民政府自然资源主管部门负责执行，但具体情形可能因违规性质和土地类型而有所不同。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。