在农村非法占用村集体建设用地，应由县级以上人民政府自然资源主管部门进行认定。以下是对此问题的详细分析：
法律依据与认定部门
根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，非法占用土地的行为，包括非法占用村集体建设用地，是由县级以上人民政府自然资源主管部门负责认定的。这一部门具有对土地使用情况进行监管和查处的法定职责，能够依法对非法占用土地的行为进行调查、认定和处理。
认定流程与后续处理
调查取证：自然资源主管部门在接到举报或发现非法占用土地行为后，会进行调查取证，收集相关证据材料，包括现场勘查记录、照片、视频、证人证言等，以证明非法占用土地的事实。
认定非法占用：在调查取证的基础上，自然资源主管部门会根据相关法律法规和事实情况，对非法占用土地的行为进行认定。如果认定构成非法占用土地，会依法作出行政处罚决定。
行政处罚：对于非法占用土地的行为，自然资源主管部门可以依法责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，并可以处以罚款。罚款的数额会根据非法占用土地的面积、性质以及造成的后果等因素进行确定。
强制执行：如果非法占用土地的行为人拒不履行行政处罚决定，自然资源主管部门可以依法申请人民法院强制执行，以确保行政处罚决定的得到有效执行。
特殊情况与注意事项
涉及刑事犯罪：如果非法占用土地的行为情节严重，构成犯罪的，如非法占用农用地罪等，那么除了由自然资源主管部门进行行政处罚外，还可能由司法机关依法追究刑事责任。
村民自治与调解：在农村地区，对于非法占用村集体建设用地的行为，有时也可以通过村民自治组织进行调解和处理。然而，这种调解和处理方式并不具有法律强制力，如果调解不成或当事人不履行调解协议，仍然需要由自然资源主管部门或司法机关依法进行处理。
建议：如果您发现有人非法占用村集体建设用地，可以向当地县级以上人民政府自然资源主管部门进行举报和投诉。同时，也建议您在涉及土地问题时，咨询专业律师或相关机构，以确保您的合法权益得到保障。如果您有任何法律问题，特别是合同纠纷或房产纠纷方面的问题，可以直接向我咨询。