村民非法占用土地建住宅的认定及查处主体，主要由县级以上人民政府自然资源主管部门或农业农村主管部门负责。具体分析如下：
一、认定及查处主体
自然资源主管部门：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。对于违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，还会要求限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，则没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可以并处罚款。
- 在村民非法占地建住宅的案件中，自然资源主管部门同样承担查处职责，特别是当涉及土地利用总体规划的违反时。
农业农村主管部门：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第七十八条，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
- 农业农村主管部门在宅基地管理等方面具有专业职责，因此也参与村民非法占地建住宅的查处工作。
二、查处流程
- 立案调查：自然资源主管部门或农业农村主管部门接到举报或发现非法占地行为后，会进行初步调查，确认是否存在违法行为及违法事实。
- 制止违法行为：在调查过程中，如发现违法行为正在进行，主管部门有权责令当事人立即停止违法行为。
- 作出处罚决定：根据调查结果，主管部门会依法作出处罚决定，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除违法建筑、没收违法所得等，并可处以罚款。
- 执行与监督：当事人应在规定期限内履行处罚决定。如逾期不履行，主管部门可申请人民法院强制执行，并对执行情况进行监督。
三、其他相关部门的职责
- 乡镇人民政府：作为基层政府，乡镇人民政府有责任对本行政区域内的土地管理和利用情况进行监督检查，发现非法占地行为应及时报告并协助相关部门进行查处。
四、法律后果
- 村民非法占用土地建住宅，不仅可能面临责令退还土地、限期拆除违法建筑、没收违法所得等行政处罚，还可能被处以罚款。
- 如果非法占用土地的行为构成犯罪，如非法占用耕地罪，还将依法追究刑事责任。
建议：村民在占用土地建住宅时，应严格遵守相关法律法规，确保获得合法的批准手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。