针对您提出的“农村村民未经批准非法占用集体建设用地建住宅由哪个部门处理”的问题，以下是详细且全面的解答：

1. 主要处理部门及法律依据

   • 县级以上人民政府农业农村主管部门：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十八条的规定，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门负责处理。具体措施包括责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。

2. 其他可能涉及的部门及职责

   • 县级以上人民政府自然资源主管部门：虽然直接处理非法占用土地建住宅的职责在农业农村主管部门，但自然资源主管部门在土地管理中也扮演着重要角色。例如，对于非法占用土地的行为，自然资源主管部门有权依据《土地管理法》第七十七条进行处罚，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除或没收新建的建筑物和其他设施，并可以并处罚款。不过，在非法占用土地建住宅的特定情境下，这一职责通常与农业农村主管部门协同或在其指导下进行。
   • 乡、镇人民政府：对于农村村民的非法占地建房行为，乡、镇人民政府也有一定的管理职责。特别是当未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行建设时，乡、镇人民政府有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除违法建筑。

3. 处理流程与法律后果

   • 立案与调查取证：一旦发现或接到举报农村村民非法占用集体建设用地建住宅的行为，相关部门（主要是农业农村主管部门）将决定是否立案查处，并通过询问、现场勘测等方式收集证据。
   • 作出处罚决定：依据收集到的证据和法律法规，相关部门将作出行政处罚决定，并送达当事人。处罚决定将载明处罚事实、理由、依据及当事人的权利。
   • 执行处罚决定：当事人在规定期限内应履行处罚决定。如果拒不履行，相关部门将采取加处罚款、申请法院强制执行等措施。
   • 法律后果：除了上述的行政处罚外，如果非法占用土地的行为情节严重，还可能触犯《刑法》第三百四十二条的规定，构成非法占用农用地罪，面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。

4. 实际建议与预防措施

   • 建房前办理相关手续：农村村民在建房前务必办理相关用地批准和规划许可手续，确保合法合规。
   • 了解土地管理法规：加强对土地管理法规的学习和了解，避免因为无知而触犯法律。
   • 积极配合相关部门工作：如果已经被发现非法占地建房，应积极配合相关部门的工作，按照要求退还土地、拆除房屋或接受其他处罚。

综上所述，农村村民未经批准非法占用集体建设用地建住宅的行为将受到严厉的法律制裁。相关部门将依据法律法规进行立案、调查取证、作出处罚决定并执行处罚决定。因此，我建议农村村民在建房前务必了解并遵守相关法律法规，确保合法合规使用土地。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。